同时，李自成还对各营的兵备进行调换，尽量做到统一装备，重新组建了火器营，从各处搜集精良的火铳和火炮，命李定国、艾能奇操练炮手和火铳手。
一番整顿下来，流贼不但兵力更胜以往，战力也开始飞速提升，迈出了从流寇向正规军转变的第一步。
与此同时，李自成在李岩、李定国的强烈建议下，不再攻下一处城池就立即铲城，而是每打下一处城池，便留下兵马驻守，派驻官吏进行管辖，开始从流寇转变为割据势力。
此时刘芳亮率领的左营经略陕西各地，袁宗第率领的右营在扫清山西各地，这两路基本上都是势如破竹，毕竟陕西、山西本就是流贼的“老区”所在，有群众基础在。
此时山西全境陷落在即，陕西也只剩下潼关、西安等少数城池还在苦苦支撑。
李来亨率领的前营、李定国率领的火器营正在围困开封城，准备拔出这个河南最后一块钉子。
李过则率领后营会同老营的四十多万人马、家眷，在河南各处部署。李过本人更是率部进驻洛阳城，消息传出，天下震动。
而与李自成这边一路高歌猛进不同，大明这边的局面几乎快要崩盘。
孙传庭率领督标营一万多人，以及潼关守军四千多人，被李自成的二十多万人马困在城内，日日拒守，却等不来援兵。
随着杨国柱、王朴、李辅国三镇兵马南下，李自成也调集袁宗第的右营北上阻击。
王朴见状直接率部跑回了大同镇固守，这里已经是山西境内最后属于大明的重镇，王朴生怕有失。
随后李辅国也率部大踏步的后退，毕竟自己这个总官兵官实力太弱，根本挡不住流贼大军的冲击。
只有杨国柱率部继续南下，与袁宗第部在潼关以北的山西平阳府遭遇，双方展开激战后，杨国柱大获全胜，斩首两万余，收复了平阳府城。
但是杨国柱刚刚率部进驻城池，隔天便被袁宗第指挥大军围困在城内，宣府镇三万多精锐将士困守城中，城外却是流贼右营的十几万大军，以及多到数不清的流民人海。
至于唐通、马科两镇援兵，从接到兵部调令到现在，已经过去许久，二人的兵马却还在北直隶一带磨蹭，完全就是敷衍了事。
只有东协镇总兵官曹变蛟率领麾下全部兵力三万五千人马杀向山西，准备与平阳府城的杨国柱部回合。
潼关东瓮城上，三边总督孙传庭满面愁容的望着远方，流贼大军在东面的营垒就在十里之外，此时还不断有流贼的骁骑、斥候在不远处驰骋着，肆无忌惮的窥探城防情况。
而在西面，今日上午已经持续了大半天的激烈战斗，城中守军死伤三百多人，虽然刘宗敏率领的流贼大军伤亡更大，可是以流贼的庞大兵力来讲，死伤个三两千人，基本上就是九牛一毛的事情。
孙传庭此时忧虑交加，感叹自己这些年来起起伏伏，却总是不能一展抱负，每当即将功成名就之时，便会遭到打击。
“时也命也！”
孙传庭有时候也在感叹，为何自己一手创建的秦军，无法与刘衍的新军一样，横行南北打下一番天地？
孙传庭自万历四十七年中了进士，初授永城知县，后于天启初年进入北京任职，为吏部验封主事，再升至稽勋郎中，正当步步高升之时，却在两年后因不满魏忠贤专政，弃官回乡。
转眼到了崇祯八年秋，孙传庭出任验封郎中，后越级升为顺天府府丞。崇祯九年=三月，孙传庭主动请缨任陕西巡抚，负责剿灭流贼大军。
就是在这一次，孙传庭在榆林建军，便是明末赫赫有名的秦军。孙传庭率秦军在子午谷的黑水峪以逸待劳，激战四天后高迎祥溃败被俘，送往北京处死，这是孙传庭一生最为高光的时刻。
随后孙传庭率部接连打击了流贼大军圣世王、瓜背王、一翅飞、镇天王等部，使关中以南地区趋于平定。而后孙传庭率部又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成部几乎全军覆没，李自成仅以十八骑兵突围而走。
至此，陕西境内的流贼大军几被镇压下去。此时明军情势大好，但因清军在此时攻入长城，崇祯帝急调洪承畴与孙传庭回京防御，李自成便得到喘息。
