此时负责记载朱常清生活的起居注官王淼记载：“今上每日卯时起，子时眠，每日睡眠不过三个时辰，处理奏疏六百余份，累年如此。”
万历二年正月，大食民变平息，孙传庭京察南直隶。
三月，三千余官员遭孙传庭论罪，二万余吏员被捕，国子监举人、秀才补位一空，京察暂缓。
四月，科举与吏考如期举行，选调进士九百人，举人八千四百，吏员三十二万。
四月十七，祝续之孙祝祯中二甲进士，擢其赴任碛北布政司长山府同知。
同月，江东诸府大旱不雨，飞蝗蔽天，官令捕之，朱常清急调南洋粮八百万石平抑粮价。
六月，两京、山东、河南、浙江、湖广皆大旱，急调东北常平仓二千万石米麦南下平抑。
七月，北方蝗虫起，两京、山东、河南、湖广、陕西、甘肃、南直隶遭遇蝗灾，受灾耕地面积超五亿亩，受灾百姓超一亿。
朱常清调海内外常平仓粮入中原赈灾，东北及南洋、碛北皆无余粮，唯南洲北调粮五千万石北上。
八月初二，钦天监上疏称太阳黑子活动减弱，可能会造成大气中的辐射量减少，让瘟疫更容易滋生，请朝廷警惕。
初三，朱常清令诸司警惕瘟疫，报纸通报各地，广播每日提醒，另拨钱五百万两，令各地医学院备疫苗及抗生素……
十月初二，陕西定襄府一人偶生一赘肉并隆起，不过一个时辰便立死，其家属报案，定襄府立即封禁关口，铁路停摆。
初三，大同、宁夏、太原、京畿出现同症状者，朱常清令北方铁路停摆，居民不可出屋舍，由衙门派送口罩。
医学院称其为鼠疫，患此症者十死四五，若有一人发，则一家数人并死。
鼠疫持续六十二日，死难者十二万六千余，终被平定。
万历三年至万历六年，秦岭长江以北亦或者大旱，亦或者瘟疫，亦或者蝗灾。
长江以南，亦或者地震，亦或者大雪，亦或者海啸洪涝。
海外，东洲北洲干旱难以缓解，瘟疫横行……
四年时间，百姓生活苦不堪言，若非交通便利，海外粮食产量够多，医疗手段足够先进……恐怕大明朝也会如西洲与昆仑洲一般，人口锐减。
大明朝在过去十七年时间中，因为瘟疫、大旱、大雪、海啸、洪涝、战争等灾害而非正常死亡人口约在五百万人左右。
相比较大明，西洲则是在十七年的战争和瘟疫中死亡近四千万人口，其中德意志地区死亡近40%的人口，其余各国也遭到了鼠疫而死难大量人口。
经过战乱，西洲仅存瑞典、波兰、丹麦、神圣罗马、荷兰、法国、匈牙利、西班牙、英国和奥斯曼等十一个主体国家。
万历七年，大明朝人口为八亿七千四百余万，其余诸如印度斯当、西洲、昆仑洲等人口合计约四亿，汉人巩固了其世界主体民族地位。
同年，袁可立与孙传庭所推行新政、京察尘埃落地。
此次京察前后共十年时间，为大明朝京察制度实行以来最长，共羁捕官员四万四千余名，吏员二十八万有余，所牵扯官吏及亲眷人口数量达百余万。
不过在这其中被判死刑的仅二万四千余人，大多数都被流配岭北。
好在抄获足够丰厚，光国债便有一亿八千六百余万两，其余耕地、宅邸、现钱折色近二亿。
隆庆年间所发行五十亿两国债，现如今仅被购入十三亿八千余万两。
在新政结束后，眼看国库充裕，朱常清宣布停发国债。
万历七年十月，户部尚书李邦华奏报，是岁财政收入三亿二千四百余万两，支出二亿八千三百万两，其中八百万为赈灾所用。尽管眼下大明已经渡过灾情最为严重的时候，但小冰河期的最低温时期却还没过去。
根据钦天监的推算，恐怕最少还有五十年时间。
正因如此，一省、数府的灾情并不少，只是没有了此前那种动辄七八个省受灾的情况。
大明朝已经渡过了最难的时期，可朱常清却并没有懈怠。
万历七年腊月初二，兵部尚书袁可立去世，享年八十三岁。
朱常清恸哭，追谥其文正，追封其莱州伯，其子承袭。
万历八年，大明进入了一个平稳期，尽管地区性的灾害不断，可王朝依旧能够继续运转维持下去。
