滇军凭借护国战争，将势力扩展到了四川。袁世凯病死、护国战争结束后，以唐继尧为首的滇系军阀也正式形成。
护国战争结束后，以梁启超为首的进步党人希望在西南建立自己的根据地，所以梁启超极力与北京政府段祺瑞接洽，为他的学生蔡锷在四川谋取职位。7月6日，北京政府任命蔡锷为四川督军兼省长。
对于蔡锷入主四川，唐继尧并非很高兴。早在护国战争之初，蔡锷率军入川作战时，唐继尧就唯恐蔡锷部在与北洋军作战中发展壮大，于己不利，因而对蔡锷的护国军第一军多方掣肘，无论在经费、兵员、武器各方面都未予必需的援助。蔡锷被任命为四川督军，鉴于蔡锷的声望，唐继尧难以反对。对入川的滇军，他更无法进行遥控。
然而，蔡锷就任川督不久，病势即日渐恶化，最后实在无法坚持正常的工作，只得电请北京政府准假养病。8月7日，北京政府批准蔡锷暂离职休养。8月9日，蔡锷离开成都，到泸州等地休息治病。但是，蔡锷的病日趋严重，不得不于8月底离川东渡日本治疗。蔡锷离川前，保举入川滇军总参谋长罗佩金暂署四川督军，入川黔军总司令戴戡为四川省长兼军务会办。蔡锷到日本后，仍医治无效，于11月8日在日本逝世，享年仅三十四岁。
蔡锷病逝后，罗佩金出任四川督军。由于罗佩金早已倾向唐继尧，因此唐继尧得以遥控入川的滇军。
当时，入川滇、黔军占据了四川省大片地方和成都、重庆等重要城镇。罗佩金完全抛开蔡锷的“重建四川”的计划，秉承唐继尧的旨意，尽力搜刮四川的财富，掠夺盐税，强令四川人民负担入川滇、黔军的军饷，由此，与四川军民矛盾日深。罗佩金又奉行“强滇弱川”政策，扩充入川滇军，压制川军。1916年冬，罗佩金召开编遣会议，裁减川军，激起川军五师长联名通电控诉。1917年3月，罗佩金又以武力解散川军第四师，川军将领深感祸将及己，第二师师长刘存厚乘机联络川军各部共谋驱罗。
1917年4月18日，刘存厚率部围攻驻成都皇城之罗佩金部，刘罗之战爆发。滇军用煤油喷射四周民房，声言“亮城”，防止川军凭借民房伏击。刘存厚亦以大炮、地雷进击，很多炮弹落在民房区。双方巷战达七昼夜，死伤惨重。由于滇军增援部队赵又新部在资阳、内江地区遭到川军第二师的阻击，罗佩金孤立无援，被迫交出督印，于4月24日率部从成都退往简阳、自贡等地。在战争期间，北京政府电令免罗佩金四川督军职，调为将军府超武将军；免刘存厚川军第二师师长职，调为将军府崇武将军，两人停止战争，进京供职。同时任命刘云峰为川军第二师师长，戴戡暂代四川督军。刘罗之战是西南军阀史上的第一次军阀混战。是役，成都民房被毁三千余间，民众死伤八千余人，财产损失无数。
刘罗之战后，紧接着又爆发了川军刘存厚与黔军戴戡的刘戴之战，结果黔军又被赶出成都遭歼灭，戴戡身亡。滇黔联军在与川军作战中连连失利，退入川南，四川脱离了滇系军阀的控制，使唐继尧十分恼怒和失望。1917年7月，针对张勋复辟，段祺瑞解散国会，孙中山南下广州领导反对北洋军阀的护法运动。唐继尧认为有机可乘，决定利用护法，把滇系势力重新深入四川，于是通电响应护法。但是，唐继尧并非站在孙中山的护法旗帜之下，而是另树一帜，宣布“靖国”，把滇黔所部八军编成靖国军，号称“滇黔靖国联军”，唐继尧自任总司令，以杨蓁为总参谋长，以顾品珍、赵又新、瘐恩旸、黄毓成、张开儒、方声涛、张熙、叶荃分任八个军总司令，加上黔军王文华第一师，共七十多营约四万人。11月14日，唐继尧以川军刘存厚阻碍滇军为名，率滇黔联军誓师出发，发动了四川靖国战争。
