在1912年底中华民国的首次国会大选中，经过宋教仁和诸多国民党员的努力，国民党在参众两院的初选和复选中获得了巨大的胜利:在众议院的596个席位中，国民党获得269席，占45．1％，共和党、统一党和民主党为154席，只占25．7％，；在参议院的274个席位中，国民党获123席，占44．9％，共和、统一、民主三党为69席，占25．2％（其他均为跨党和无党派人士）。在这次选举中，国民党虽然没有获得超过半数的绝对优势，但他们所占的议席数已经是远远超过了其他政党，即使共和、统一、民主三党联合，也不足以相抗衡。
国民党在竞选中的胜利，使全党一片欢腾，也令宋教仁感到十分的激动。在他看来，胜利的曙光已在眼前，组阁的梦想即将实现，但他万万没有想到的是，危险正慢慢向他逼近。1913年2月，宋教仁辞别母亲和妻子，在长沙、武汉、南京、上海、杭州等地演说、游历一番后回到上海，并准备在3月20日乘火车前往北京。宋教仁所到之地，往往要发表演说，其中也不乏抨击袁世凯政府的言辞。当时有人劝他不可过于锋锋芒毕露，以免不测之险。宋教仁对此却不以为然，他说:“我这一生，光明磊落，平生既无夙怨，也无私仇，光天化日的政客竞争，又怎么会有如此卑劣残忍的手段？”
3月20日晚十点左右，宋教仁在黄兴、于右任等人的陪同下，来到沪宁火车站准备北上。由于当时很多当选的国会议员也都从上海出发，因而车站还特设了议员休息室，宋教仁等人便先在那里稍作休息。议员休息室里的气氛是热烈的，每个人的情绪都很高昂。正当大家兴高采烈的谋划着民国未来的美好蓝图时，火车的汽笛突然“呜呜”响起，提醒火车已经到站，旅客们赶紧上车。
从议员休息室到检票口不过数十米，两三分钟即可走到，但此时却突然下去了小雨。在大家的簇拥下，宋教仁与黄兴在前面并排走着，一路上还说说笑笑，但当他们快走到检票处的时候，斜刺里突然窜出一条黑影，说时迟那时快，只听“砰”地一声枪响，走在队伍前面的宋教仁表情痛苦，他扶着身边的铁栅栏，忍着痛叫道:“我中枪了！”
紧接着，又是两声枪响，这次的子弹却弹在地上，并未伤人。在大家的一片惊呼中，凶手却身手敏捷，还没等到巡警赶来，此人已经消失在迷蒙的夜雨之中，一下就跑没影了。遭此变故后，欢乐的气氛为之一扫而空，夜色也紧张得换了一个面孔，在细雨茫茫中，街灯也显得更加的昏暗。
等到大家镇定下来后，却发现宋教仁已经歪倒在地上，手还紧紧的捂着受伤的腰部。当同伴们找来汽车送他去医院的时候，血已经流了一地。很快，宋教仁便被送到附近的铁道医院，经医生的检查，宋教仁是背后中枪，子弹斜穿到腰部，肾脏、大肠均被击中，更可怕的是，这颗子弹上竟然有毒！
毫无疑问，这是一桩精心策划的政治暗杀，目的就是要致宋教仁于死地。
外科医生赶到后，随即对宋教仁进行手术，在费劲周折后才将其体内的子弹取出，但此时已经太晚。手术后的宋教仁脸如白纸，他知道自己的生命即将走到尽头，便呻吟着对陪护的于右任口授遗嘱，说有三事还需同志相助，一是将他在南京、北京及东京寄存的书籍全部捐入南京图书馆；二是他家中一向贫寒，老母尚在，希望在他死后请黄兴及各位故人代为照料；三是诸位同志要继续奋斗救国，勿以他为念而放弃责任。
言毕，宋教仁痛苦至极，他一会双手抱肩，一会合成十字，似乎有说不尽的苦况，旁边一班送死的友人，也都为之恻然落泪。在经过第二次缝肠手术后，宋教仁的伤情更加恶化，他还呻吟着说:“我为了调合南北，费尽若心，可是造谣者和一般人民不知原委，每多误解，我真死不瞑目。”
