从长远的角度来看，近卫军目前所面对最大的难题，还是如何应付那些各自为政的各省军阀。毕竟可以打过汉口一战，也可以勉勉强强对付护国军，但战争必然存在消耗，在这一连串的消耗之后，是否真的还有余力来对付各省军阀，当真是一个未知数。
所以在结束了孝感战役之后，蒋百里当然清楚的认识到必须在最短的时间里，做好休整和扩充准备，同时利用目前还没有完全结束战争的借口，尽可能向中央政府索取更多的物资。不管是用在修整军队，还是用来储备，等到迎接接下来的战事，都是有必要。
在孝感的全军整顿上面，除了按照袁肃的思路，把第一师、第三师全部分拆填补到第五师和第一兵团上面之外，同时还将俘虏的两万多名曹锟的叛军做了整编。为了防止这些叛军中会有不稳定的情况，他最先做出的就是剔除军官，将所有军官全部抽调出来，或分配到其他部队，或就地解散，又或者是做为警告似的宣判罪行。
哪怕在基层当中有很多军风成问题的士兵，但是也要比有号召力和指挥权的军官要容易管教。更何况在今后的编排之中，对于那些作风问题严重的士兵，照样还是可以开除或者另作其他调用。
对于这众多俘虏的编制，蒋百里先按照中央师的编制组成了一个师的番号，同时又从第五师、第一师和第一兵团方面抽调了部分军官接管这个师。如此一来，对于之前那些第一师、第五师的军官们来说，他们虽然大部分在这次编制中升职，可到底还是脱离了原来的圈子，面对的是一群不熟悉的士兵和部下，极大的削弱了彼此的影响和不稳定。同时，抽调走的这些军官缺位自然还是由滦州集团安排人来替补，最终大大的巩固了蒋百里控制第五师。
新建立这支师的番号申报到袁肃那里，经过几天的研究之后暂时批下为卫戍兵团。
袁肃希望在这个师的基础上，把另外剩下没有编制的俘虏都变成一个兵团，但是暂时不设置兵团司令部，仍然近卫军总司令部来直接管理这个兵团。而那个师则被成为卫戍兵团第一师，外加几个零散的团、营番号，刚好把这些俘虏全部安排好了。
卫戍兵团的主要任务，除了做为正常作战之外，同时还肩负起地方卫戍任务。
袁肃旨在把这些杂牌部队全部降低一个层次，在思想、训练、后勤供应以及军事地位上，全部要比中央军差上几个档次。到战后就彻底沦为预备役。让这些杂牌部队在进训练营里面好好训练一番，把一些过往不好的习惯全部清除。
整个孝感的整顿和编排俘虏并不是三天、五天就能完成的工作。经过孝感一战制造了太多伤亡人数，阵亡的士兵需要抚恤，受伤的士兵需要照料。袁肃从一开始就标榜近代军队的所有系统，所以当然不会在像以前那样旧式军队的做派，对于受伤和阵亡的士兵能敷衍就敷衍，甚至还有将抚恤和救助的资金直接贪污克扣情况。
由于阵亡和伤亡数量过于庞大，单单是统计名字就要花去许多人力和时间。
从战争还在继续时，伤亡的人员大多是由交通线转移到河南，甚至还有一些人被迫转移回到直隶利用西医设施来救治。到战争结束时，更多的伤员都留在孝感本地，这其中不止有近卫军的伤员，还有不少曹锟俘虏当中的伤员。袁肃和蒋百里曾经通过电话来讨论过这个问题，虽然在大局观上理应一视同仁，可这会儿在孝感打得十分太激烈，很多人都杀红了眼，若真要一视同仁肯定会让近卫军的士兵很不痛快。
最终总司令部还是下达了一份命令，近卫军伤员和俘虏伤员分开救治，并且在医疗资源上采取近卫军伤亡优先的原则。
蒋百里所预想的伤亡状况最多是成营成营的程度，可真正统计起来，再加上那些俘虏当中的伤亡，实际上已经到了成团成团的情况。纵然中央军大部分都有战役医院和军医的编制，但真正做到完善和达到标准的，也只有第一兵团和第十师。面对如此庞大的伤员，许多军医几乎要一人肩负数职。很多军医连续坚守岗位奋战三天三夜，到最后甚至连自己都累倒了。
