明朝末年开始的中西文化交流，在清朝初年有继续扩大的态势。清人入关后，请传教士汤若望主持钦天监，并将明崇祯年间已完成的《崇祯历书》，以《西洋新法历书》的名称刊印出来。清初的多尔衮、顺治帝也很热心于吸收西方科学技术，康熙帝继其后，进一步引进和吸收西方先进科学技术。他通过传教士南怀仁或派出专使赴法国招揽科学人才，并特诏传教士进宫廷，为他传授几何、测量、代数、天文、物理、乐理，以及解剖学等方面的知识。不过好景不长，公元1704年，罗马教皇颁布教令，勒令在华传教士改变方针，尤其是禁止中国教徒礼拜祖宗，引起朝野上下的一片反对，康熙帝被迫也采取相应的措施限制传教士往来。1707年，教皇派来的公使被送到澳门监禁。雍正元年（1723年），将在华的传教士全部驱逐，中西文化交流在进行了百余年之后就此中断。在这百余年中西交流中，中学与西学首次大规模碰撞，这便在中国学术界内部就中学与西学展开争论。清代前期，主要是围绕历法问题展开的。
清初的顽固守旧派对西学持反对态度。代表人物有杨光先等。入清以后，西方传教士汤若望向清廷上疏说：“旧法历本大谬七条。”[34]请求清廷派人实地测验他所推测的日食是否准确，希望按西法制定的《崇祯历书》得到朝廷采用。顺治元年（1644年）八月，丙辰朔，日食。多尔衮命大学士冯铨率领钦天监官实地观测，证明汤若望西法预测准确，于是清廷决定采用有耶稣会传教士参与编写的《崇祯历法》。以杨光先、吴明烜为首的保守势力反对西方历法。杨光先作《摘谬论》批判西洋新法，又著《辟邪论》攻击天主教为邪教。他向礼部递《正国体呈稿》，指出《时宪历书》封面用“依西洋新法”，是“暗窃正朔之权予以西洋，而明谓大清奉西洋正朔”。在他看来，“天主教人之狼子野心，谋夺人国是其天性，今呼朋引类，外集广澳，内官帝掖，不可无蜂虿之防”[35]。他还指控汤若望误以顺治十八年闰十月为闰七月。
耶稣会士利类思、安文思及教徒钦天监监副李祖白等著《天学传概》一书，推崇天主教为超越中国其他一切宗教的宗教。宣扬上帝开天辟地，东西万国皆为基督苗裔，“六经”、《四书》是“天学之微言法语”。这便引起杨光先等人的不满。他们在鳌拜等人的支持下，向礼部上《请诛邪教状》，并进《摘谬十论》、《选择议》等，指控汤若望等制造妖书，邪说惑众，布党各地，内外勾结，蓄谋造反。他们还站在民族文化本位角度全面批判西学，说传教士“到一国必坏一国”，他们以“神权至上”，是“以彼国二主之夷风，乱我国一君之治统”。传教士所谓君臣父子“皆以友道处之”，是破坏传统的名教，“乱我国至尊之大典”，损害“不孝有三，无后为大”的道德伦理原则。天主教义造成中国“学脉、道脉从期替矣，此予之所以大忧矣”。他们尤反对用西历，因为“若用西历，必至短促国祚，不利子孙”。不久，清廷开始审理此案。结果杨光先一派得胜，传教士及教徒李祖白等被判有罪，废除《时宪历》，恢复《大统历》。
