康熙帝决定撤藩。三藩势成割据，严重威胁着清朝的统治和国家的统一。早在清世祖死时，吴三桂拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避，清廷恐吴三桂生变，命其在城外张棚设奠，礼成即去。后来，朝中也有一些官员提出要限制三藩的实力，其中就有一个叫王熙的官员上疏指出：“宇内甫平定，而三藩各拥重兵，吴三桂尤强，擅署置官吏，寝骄蹇，萌异志，子应熊以尚朱，居京师，多聚奸人，散多钱交通四方。”他向朝廷提出建议，裁剪三藩的军队数量以及他们的军饷，这样不但能削弱三藩的实力，也能充实国库。
其实，在康熙登基、四大臣辅政时，朝廷就开始准备一步步收回和削弱三藩的势力和权力了。比如，吴三桂手上有一枚“大将军印”，这是顺治帝授予给他远征云贵的，以此掌握征伐大权，但是吴三桂在平定了云贵后，这枚“大将军印”他却迟迟不肯上交，在四辅臣的反复促使下，吴三桂被迫将“大将军印”上交。
康熙五年，玄烨还未亲政，朝廷又将三藩的用人题补之权裁除去，而过去吴三桂对云贵、广东、福建的官吏任免权也收获。
康熙亲政后，一开始并没有命令宣布撤三藩，他采取软硬兼施、循序渐进的方法，一方面安抚三藩，另一方面派朝廷官员到云贵、广东、福建担任总督、巡抚等要职，对三藩的势力进行约束。而吴三桂等人则嗅到了清廷对自己的政策变动的气息，他最害怕的是朝廷“过河拆桥”“卸磨杀驴”，所以不断试探朝廷，不过他在自己的利益没有受到损害的情况下，他也适度妥协了一些，不过三藩和朝廷之间的矛盾早已不可调和，尤其是军权上，三藩始终不肯交出，这成了后来康熙撤三藩的最大原因。
怪在这紧要关头，一个突然的事件引发了朝廷一场撤藩还是不撤藩的大讨论。
康熙十二年（1673年），谋士金光对尚可喜提出建议，让他主动提出撤藩，进而让朝廷将爵位传给他的儿子尚之信，于是，他上疏称：“臣年七十，精力已衰，愿归老辽东，有旧赐地亩房舍，乞仍赐给，臣量带两佐领军兵，并藩下闲丁孤寡老弱共四千三百九十四家，计男妇二万四千三百七十五名，其归途夫役口粮，请敕部拨给。”尚可喜这一番言辞着实让康熙很高兴，他认为这是解决三藩问题的最好时机。随即，他拿出纸笔进行批复，同意了他的请求，顺便下令尚可喜率诸子、家人以及手下的一些官兵迁至辽东海域，然后派御前侍卫亲自到广东尚可喜家宣读自己的谕旨，并且还赐给尚可喜一家诸多物品，比如貂皮帽、天马裘、四团龙挂腰带等，以此表示对尚可喜父子的宽慰。
很明显，尚可喜上疏的本意并不在此，他是想退位让贤，自己退休养老，让自己的儿子接替自己继续做一方霸主，但他没想到康熙帝会如此处理，但即使内心不平，也已经无可奈何，且尚可喜退休和康熙撤藩的消息马上传遍了朝廷内外。
很快，耿精忠知道后，也主动上疏撤藩。但是吴三桂很犹豫，他所管辖的云贵是朝廷的边防，也是一条防护线，自己也曾对朝廷有功，朝廷未必敢于动他，如果也上疏自请撤藩，或许可以消除朝廷的疑虑。
不过，这不是吴三桂的真实想法，他希望能和明朝的沐氏一样“踞滇中”，平定云贵之初，洪承畴也向清廷建议：“岩疆难靖，援明黔国公沐英世镇例，请（吴三桂）移藩久镇”，并获得清廷准许。也就是说，吴三桂虽然拥兵自重，但却未想过谋反，他只想守着云南，安享晚年。他的谋士刘玄初曾劝他说：“上思调王，特难启口，王疏朝上而夕调矣。彼二王辞者自辞，王永镇云南，胡为效之耶！不可。”而吴三桂听了，却摆摆手说：“予疏即上，上必不敢调予，具疏所以释其疑也。”
于是，这年七月，吴三桂和尚可喜以及耿精忠一样，也向朝廷上了一道奏疏，其中说道：“臣驻镇滇省，臣下官兵家口，于康熙元年迁移，至康熙三年迁完。虽家口到滇九岁，而臣身在岩疆，已十六年，念臣世受天恩，捐糜难保，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩。今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩，仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。”
吴三桂一直认为康熙会挽留他，但他错了，康熙认为这就是撤藩的最好时机，在看完吴三桂的折子后，康熙马上将大臣们召集起来商议此事，大臣们认为吴三桂此举不过是在试探朝廷，一旦批复同意，吴三桂势必会造反，有户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛主撤，明珠赞同。康熙权衡再三，坚持说：“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发”。
于是，康熙下令撤藩，让吴三桂在限期内搬到山海关外，随后，清廷命朝廷官员等赴云南、广东、福建，会同该藩及督抚商榷移藩兵事宜。随后，清廷以陕西总督鄂善调任云南总督，宁夏总兵官桑额为云南提督。很快，三藩割据一方的形势将会迅速失去，而康熙的这一决定使三藩的利益受到了极大的损害，这也促使吴三桂加紧密谋。
本来吴三桂、耿精忠上疏请求撤藩，只是形势所逼，心存侥幸，并非其本意，所以朝廷决定撤藩，完全是出乎他们的意料。正在朝廷为迁藩进行着周密的安排和计划时，大失所望的吴三桂也开始暗中紧锣密鼓地部署兵马了，他封锁云贵道路，只许入而不许出，并积极勾结他省的旧部，又与耿精忠相互联络，准备起兵。
