分化瓦解郑氏力量
康熙亲政以来，有三件大事在他的脑海内是必须要完成的——除鳌拜、撤三藩、收复台湾。和前面两件事相比，很明显，收复台湾更有挑战性，因为清军主要是八旗子弟、不善水性，对于他们来说，要越过几百里的海峡攻打下郑氏长期据守的台湾是有很大难度的。
台湾岛是中国的第一大岛，位于中国大陆东南海域，东临太平洋，西隔台湾海峡与福建省相望，南界巴士海峡与菲律宾群岛相对。台湾包含中国第一大岛台湾岛和周围属岛以及澎湖列岛两大岛群，共80余个岛屿所组成，总面积3.6万平方公里。
台湾自古以来与内地有着密切的联系。远古时代台湾与大陆相连，约几百万年前由于地壳运动，部分陆地下沉，海水进入，形成台湾海峡，台湾岛才与大陆分离。三国时期，吴王孙权派将军卫温、诸葛直率一支由一万余名军士、三十多艘船组成的船队到达夷洲（今台湾），是中国大陆居民利用先进的文化知识开发台湾的开始。
宋元时期，汉族人民在澎湖已有相当数量。汉人开拓澎湖后开始向台湾发展，带去先进的生产技术。12世纪中叶南宋将澎湖划归福建路晋江县（今福建晋江）管辖，并派兵戍守。大陆和台湾的联系日渐频繁。
元朝进一步加强对台湾的管理。元世祖曾派员到台湾宣抚，并在澎湖设澎湖巡检司，隶属福建泉州路同安县（今福建厦门），虽然没有直接将台湾岛并入其内，却是中国中央政府对台湾地区的首次官署设置。
明朝初期仍设澎湖巡检司，直至1387年因实施海禁而废除，并把居民迁到漳州、泉州一带。1563年考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。
明朝以后大陆与台湾的人民往来不绝。永乐年间郑和率船队曾在台湾停留。17世纪20年代的明朝末叶大陆居民开始大规模移居台湾，给台湾社会经济和文化的发展以极大推动。其时福建人颜思齐、郑芝龙为抗拒官府欺压率闽粤居民迁居台湾，一面从事农耕、贸易，另一面组织武装力量抗御倭寇和荷兰人。1628年闽南大旱，百姓无以为生，郑芝龙组织灾民数万到台湾垦荒定居，各地逐渐形成许多村落。台湾自此进入大规模开发时期。
1624年属于荷兰东印度公司的荷兰殖民者为建立与中国、日本贸易的据点侵入南台湾。1626年至1642年西班牙殖民者也曾侵占北台湾，后被荷兰人驱逐。
1652年郭怀一领导了最大规模的一次武装起义，虽最终被镇压，但表明荷兰殖民统治已出现危机。九年后他们配合民族英雄郑成功驱逐荷兰人，收复了台湾。
郑成功收复台湾之时，清朝基本上已经奠定了在台湾的统治地位。但即便如此，全国各地仍然有此起彼伏的抗清势力出现，其中包括南明的抗清斗争，还有农民军余部。郑成功也是明朝遗民，他也一直在东南沿海一带与清军周旋，战事不断，清廷也为此苦恼。不过，值得赞扬的是，郑成功一直强调：“台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也。”
康熙元年（1662年），郑成功去世，其弟郑世袭与其子郑经为争夺王位而火并，清廷趁机招降镇守厦门的郑经，郑经交出了玉印。第二年五月，郑经杀死了郑世袭，台湾内乱平息，郑经向清廷请求，希望能按照琉球的藩国形式经营台湾，表示永不登陆，不剃发，不改汉族衣冠，否则，决不投降。
康熙六年（1667年），朝廷派出总兵孔元章两度赴台议抚，答应如郑经归顺，可封“八闽王”。却遭郑经以“非属（中国）版图之中”，以及“先王之志不可坠”为辞拒绝。显然他数典忘祖，他父亲郑成功当年收复台湾时曾在给荷兰殖民统治者揆一的声明中义正词严地指出：“台湾者，早为中国人所经营，中国之领土也！”
