起初，康熙发现，索尼总是称病休息不上朝，他一开始在上朝时会问一问索尼的病情，可是随着时间的推移，康熙发现鳌拜对于他关心索尼的态度似乎并不愉快，于是，他改变了方法，开始当场训斥索尼因私废公、不顾大局，但下朝之后，康熙会去索尼的家里看望他，还会将鳌拜在朝堂上的所作所为告诉他，并征询索尼对付鳌拜的策略。后来，在康熙五年时，太皇太后和康熙还决定立索尼的孙女赫舍里氏为皇后，很明显，这也拉拢了索尼。
对待鳌拜，则以安抚和麻痹为主，表面上，康熙对鳌拜的结党营私的行为毫不知情，还在朝堂上赞赏鳌拜和他的党羽，这样，能稳住鳌拜，避免他在康熙羽翼未丰时做出犯上作乱的行为。
康熙很明白，遏必隆一派依附鳌拜，不过是胆小而已，为此，康熙立遏必隆的孙女为贵妃，这种做法也能遏制遏必隆和鳌拜串通一气。
苏克萨哈作为鳌拜党的对立派，经常在朝堂上当面指出鳌拜的罪状，这虽然也是康熙想说的，但是他并不能在朝堂上顺着苏克萨哈，而是要训斥他，防止鳌拜集团向外扩张。
从这些措施能看出来，康熙能清晰准确地把握四大臣的不同特点，并能对症下药，找到对付每个人的方法，表现出一个成熟的政治家的风范。
然而，康熙担心的一些事还是发生了。
康熙五年（1666年），鳌拜借口多尔衮时期将镶黄旗应得到的土地给予正白旗，以坏地换好地，使本旗镶黄旗领所得到的田地十分“不堪”，提出应该给予调换。
索尼、遏必隆都支持他，鳌拜遂移文户部，并以土地不堪为理由。户部尚书、隶正白旗的苏纳海认为土地分配已久，且康熙三年奉有民间土地不许再圈圣旨，反对更换。鳌拜暗欲置之死地。此后，虽有议政王大臣议复此事，又有都统贝子温齐等人查勘八旗占地的详情，辅臣等仍称旨说：永平府周围地亩未经圈出，应令镶黄旗移住。并援引顺治帝的凡事俱太祖太宗例行之旨，极欲实现鳌拜心愿。四月，户部遵旨议复镶黄、正白两旗换地一事，以两议请旨。鳌拜等人在称旨时将两议中于己有利的内容全部纳入。
是年底，直隶山东河南总督、隶汉军正白旗的朱昌祚和直隶巡抚、隶汉军镶红旗的王登联均据实据理，抗言直谏。鳌拜等对他们称旨严责。不久，在鳌拜的一手操纵下，苏纳海、朱昌祚、王登联均被革职，交刑部议罪。年轻的康熙帝知道拜鳌必欲杀害这三人，特召四辅臣询问，独苏克萨哈不语，其他三人坚持应置重刑。康熙帝始终不允鳌拜等人所奏。谁知，鳌拜竟擅自矫旨，将苏纳海、朱昌祚、王登联处予绞刑，家产抄没。
十二月，这场圈换旗地之争以鳌拜得势暂告结束。
四大臣中，苏克萨哈在与鳌拜一派的争斗中逐渐感到力不从心，心生退意。
索尼看着鳌拜的势力逐渐坐大，而自己也年岁渐长，心中十分忧虑，于是，他策动三辅臣与自己一起奏请皇上亲政。这年，康熙十四岁时，在索尼等人的不断请求和太皇太后的应允下，康熙决定亲政，但为了安抚鳌拜，他依然下令鳌拜等人以辅政大臣的身份处理国家事务。不久，苏克萨哈上奏请求为顺治先帝守陵，以此保全余生，但是鳌拜依然不放过他，鳌拜及大学士班布尔善诬以不欲归政，对其列二十四罪，将其灭族。
