第二波攻击机群给已经四处起火的珍珠港和瓦胡岛带来了更大的灾难。正在抢修的战舰再次被击中，其中一艘战舰被剧烈的爆炸推到了另外一艘战舰上，两舰上层建筑被炸得一塌糊涂，水面上都是泄露出来的重油，燃烧着大火，跳水逃生的人只能潜到30厘米厚的重油之下游走，水面上到处都是烧焦的尸体。珍珠港上空的浓烟在整个瓦胡岛上都能看见。陆地上，各种港口设施被熊熊的大火笼罩，到处是爆炸声、射击声，到处是呼喊的人群。在瓦胡岛上最大机场，飞机的残骸到处都是，因为军方来的命令，作战飞机都在停机坪上整整齐齐地停着，就像等待日军轰炸机来检阅式的。
战地医院塞满了伤员，到处都是鲜血，地面打滑以至于护士长不得不将传单铺在地上，到处都是惨叫声和呼号声。
珍珠港和瓦胡岛的惨状被第二波攻击机群的空中指挥官看在眼中，见到港内的有价值目标变得不多。第二波攻击机群甚至对港外和岛北面，也就是他们经过的方向的美军舰只发起了进攻。直到9：45，日军飞机才由于逐渐耗光了弹药开始向北面返回航空母舰所在的位置。这个时候航空母舰已经向前开到距离珍珠港180海里的位置以便更快地收回航母的发起进攻。
作为看客，何俊才滋滋有味地看过了整个的攻击过程。日军的有条不紊和美军的慌乱给他留下了深刻的映像，其实从战术上了说，日本是大获全胜，但是从战略上来说，这是日本最终崩溃的原因，他原本不应该去招惹这样一个怪兽。二战进行到现在终于展开了它的全部画卷，剩下的就是渲染了。
不过作为一个穿越者，如果只是看，可能有一点遗憾。当日军的第二波攻击机群飞回航母后，珍珠港陷入了一片混乱，不停有情报汇总到金梅尔的司令部，甚至有人说日本人已经在岛的北部登陆。但是当紧急起飞的仅存的几架美军侦察机抵达那里的时候，却连一艘日军舰艇也没有发现。
正午时分，南云忠一跟舰队的飞行指挥官和两拨攻击机群的空中指挥官进行了一次简短的会谈。所有的飞行指挥官都强烈地建议再次发动袭击，而南云忠一则感到很犹豫。南云忠一身上的担子很重，帝国最精锐的六艘航空母舰全都在这里，相比起发动第三波攻击，他更关心如何将这些航空母舰都带回日本去。因为美军的三艘航空目前一直没有找到，这跟利剑就像一直旋在他头顶似的，让他如坐针毡。
看到十二点日军还没有派出第三波攻击团队，何俊才知道多疑的南云忠一老毛病犯了。其实南云忠一算不上优秀的航母指挥官，他还是原来战列舰的支持者，要是1939年9月，苏联志愿航空队没有在汉口机场将日军第二联合航空队司令冢原二四三炸成重伤，那么对航空兵指挥更加在行的他应该会取代多疑的南云忠一指挥第一航空舰队，那么珍珠港的战果肯定会更大的。何俊才不希望南云忠一像历史上那般退却，决定帮他下定继续攻击的决心。
浮空基地早就放出了数组飞机在周边巡逻。这个时候正在巡逻的第十一大队大队长岑泽鎏所在的双机小队接到了命令，10分钟后，他们干脆利落地击落了一架日军航母放出的侦察机。当他们的歼五熊猫战斗机以600公里小时的速度冲出云层向这架双座侦察机发起进攻的时候，这架侦察机甚至连遇袭的信号都没有发出。因为侦察机的视线主要放在了对海面的搜索上。岑泽鎏没有想到居然能在茫茫地海面上打出中国空军的第一个战果，他非常的高兴地看着日军侦察机残骸掉入水中，激起一大片浪花。
然后一封“13号侦察机”发出的电报很快被送到了南云忠一的手中。南云忠一吃惊地看着手中的电报——“舰队以西250海里处发现敌航空母舰编队，记有重型航空母舰一艘，重型巡洋舰三艘和小型驱逐舰六艘。敌舰队正在向东行驶，”然后电文在这里断了，看来那架侦察机凶多吉少。
这似乎是一个天大的机会摆在南云忠一的面前，不过南云忠一就更加犹豫了。其实也不怪他，今天的袭击似乎太顺利了一点，一切都像是演练好了一般。不过接下来来自“山本五十六”的一封电报打消了他的疑虑。
这封电报来的很及时，而且标明了最高的重要等级。等译出电报后，无线电指挥官直接拿着电报跑到了空战指挥室中的南云忠一面前，将电报交给了他。
“已经查明美军太平洋舰队三艘航母的去向。企业号于5日奉命前往威克岛运送飞机，列克星顿号奉命往中途岛运送飞机，两舰队已经完成任务，正在返回。萨拉托加号在圣地亚哥大修。情报可靠。鉴于珍珠港缺乏有效的空中作战力量，联合舰队务必毕其功于一役，彻底消灭美军在珍珠港上的作战物资和基地，必要时可以利用战舰抵近珍珠港进行轰击，并在归途中寻机围歼企业号和列克星顿号”。这封来自联合舰队司令官山本五十六的电报言辞坚决，让南云忠一难以拒绝。他很快下命令派出几架侦察机向企业号航母的方位搜索过去，并且立即派出了第三波攻击编队，目标还是珍珠港
