按照商定的撤军计划，首先过江的是负责转运十万两饷银的盛军一哨人马。当初运来饷银的转运人员已经撤走，只余十人看护。运输饷银非同小可，袁世凯与叶志超、卫汝贵商定，从盛军中抽调身体健壮、腿脚利索的一哨人马交给一位吕姓哨官，由他全权负责运抵凤凰城。
军队过江的顺序，是丰升阿的马队、马玉昆的毅军、叶志超的部众、卫汝贵盛军一部，聂士成的芦台防军负责转运军械，卫汝贵的盛军两营负责殿后，吕本元的马队负责警戒。因为鸭绿江上只有一架浮桥，军队过江很费工夫。运输军械则更慢，运了四天还未完成。第五天吕本元派出的哨探报告，八十里外发现日军马队，另外有几艘日本船向义州方向驶来。负责殿后的盛军开始**，有人埋怨转运军械的芦台防军太慢。到了中午，两位营官去找袁世凯，希望撤回江西。袁世凯反问：“那没运完的军械呢？”
“只好扔掉了。军械丢了可以补充，如果被日本人困在义州，再搭上几千人实在不值。”一位营官道。
另一位则附和：“袁大人没与日本人打过仗，不知道厉害，就我们这些人根本不是对手。”
袁世凯不同意，希望再坚持一天，两位营官气咻咻走了。
到了晚上，突然砰砰枪声乱响，盛军中有人大喊：“快跑，倭寇来了。”
负责殿后的盛军两营根本不听约束，纷纷奔向鸭绿江边的浮桥。仓皇之中，有好几人失足落水。两位营官气得直跺脚：“袁大人你看，兵勇都如惊弓之鸟，实在没有办法。我们俩成了光杆营官，不如也过江去。”
袁世凯去找吕本元，问他马队发现新的敌情没有？吕本元说还没有。因为还有大批炮弹、枪子和近千石粮食，弃之太可惜。两人正在商议，叶志超派人过江，说为了避免浮桥为敌所用，今晚要拆掉浮桥，请连夜过江。
“粮食不能运回，不如就地分给义州的百姓。”于是袁世凯去找义州府尹，让他连夜把粮食分掉。至于未运走的炮弹枪子，则在南门外引爆。
聂士成的芦台防军和吕本元的马队，在连声爆炸中匆忙过江。第二天一早，浮桥就拆掉了。
过了江，袁世凯才听到几天前北洋水师与日军舰队在大东沟外大战一天，北洋水师连沉带伤七八条军舰，就连定镇两艘巨舰，竟然也暂时失去战斗力。这样所有的粮械转运失去了水师保护，不敢再走水路，全部改为陆路转运，特别费工夫。他忙了七八天，才勉强在九连城储备了十来天军粮和打一两天仗的弹药。
军队士气低落，军纪混乱。这时朝廷又下旨直隶提督叶志超调度无方，以致平壤大败，革职待勘；盛军统领卫汝贵治军懈怠，革职查办。叶志超一军交由聂士成统领，卫汝贵的盛军则交由吕本元和孙显寅两人共同统带。北洋水师济远舰管带方伯谦，激战之中率先逃走，僚舰也随之而逃，已经在旅顺被斩首。而李鸿章因为平壤大败、北洋水师损失巨大而被朝廷褫夺了黄马褂。文官要得黄马褂并非易事，李鸿章是因为军功而赏穿黄马褂，因此褫夺黄马褂等于否定他的不世军功，也是相当严重的惩罚。所以大家都知道，下一仗如果再打不好，不知要有多少人倒霉。
叶志超被革职待勘，新任命四川提督、驻军旅顺的宋庆为北洋军务帮办，统领除黑龙江将军依克唐阿所部外的各军。宋庆从旅顺北来，总要十来天才能赶到。整个鸭绿江的数万大军各自为政，益加混乱。
现在军械不但缺乏，而且质量还差，尤其是天津机器局自产的炮弹和枪子，往往对不上号，各军所用枪支又相当混杂，有天津自造的前门枪，也有江南制造局制造的后门枪，还有从德国、美国、英国购买的洋枪，往往一营中便有数种，枪弹不配套的问题非常突出，常常领去了军械，发现不配套又纷纷退还，把袁世凯弄得头昏眼花。
