端方奉旨出京南下，真正是提心吊胆。当年作为出洋五大臣之一，尚未迈出国门就在火车站挨了炸。虽然并无大碍，却在他心头留下阴影。这次铁路收归国有引来四省激烈反对，未出京前已经收到匿名信，警告他如果采取强硬措施，四省人民也将相机采取因应手段。受此警告，他不敢带任何家眷，只携带数十下属及随从出京。他的行期一改再改，为的是不让南边的人得了确切消息。到了洹上村，又下车去拜访袁世凯，本来说好次日就走，却又放出话来，要到后天才起程。
两人是把兄弟，他对袁世凯又向来佩服，当然要请教袁世凯应当怎么应付。袁世凯已经从张謇那里了解到铁路国有虽然是利国利民的大计，却触动多方利益，恐怕好事多磨，所以他忠告端方：“近闻湘人颇有风潮，川省也极不稳定，大节宜先驻汉阳，分设委员勘查，步步经营，万不可操切行事。”
端方回道：“如今中枢乏人，杏荪与各方关系不洽，如果有四哥这样的人入主中枢，我在外面就踏实多了。如果四哥有意复出，我可向当道进言。”
袁世凯连连摇头：“你可别害我。我已经衰朽不堪用，何况现在事势纠纷难以收拾，我是决不愿舍弃初志，投身急流中。”
连袁世凯都说局势难以收拾，端方对前途更感渺茫。袁世凯有北洋军在手，倘若局势变乱，朝廷肯定还要倚重，所以他提议将长女许给袁世凯的五公子，袁世凯满口答应。
所谓投桃报李，端方是袁世凯在满人中很难得的奥援，当然很有必要进一步笼络，所以他提议把二小姐许给端方的侄子。两人饭后一席谈，就决定了两对年轻人的婚姻。
第二天下午，端方又改变计划，吃过晚饭后就登车南下，第二天黎明时分到了汉口大智门火车站，湖北文武官员暨绅商学界代表在湖北布政使余诚格和提督张彪带领下齐候于车站迎接。警戒十分严密，除专责驻守铁路的陆军四十二标分段排队警卫外，张彪又调来陆军两营夹道保护，巡警则往来弹压盘查。端方一走出火车，各文武簇拥上来，先引到官厅小憩，与司道镇协统领略谈片刻，改乘马车直到刘家庙江岸，“江清”兵轮早在此等候半夜，端方登轮渡江。
湖广总督瑞澂亲自出城在皇华馆迎接，恭请圣安后，两人同乘一辆马车入城，将端方送到提前为他预备的乙栈行辕。此地濒江，张彪早就派两个小队作为行辕护卫，巡警厅则派了二十名巡警随时听用。当天的接风宴上，鄂路公司的总理、协理都在座，他们向端方表示，朝廷之于商股可谓仁至义尽，吾鄂实无异言，大家都盼着督办早日莅临。总督瑞澂也告诉端方，湖北民众对铁路国有的确没有异议，四省之中，湖北最为安定。
端方采纳袁世凯的建议，自己坐镇武昌，将他的行辕定名为督办川粤汉铁路大臣总公所。内分总务、考工、购料、文牍、会计、庶务六科，及勘线、购地、制图、运输等十余股，派定科长股员共三十余人。又以四省路政纵横数千里，工程极为繁难，分别向四省派出总办，带委员数人，分驻各省，探查情况，具体办事，他则居中调度，相机办理。
然而，朝廷却不容他在武昌从容坐镇，因为四川风潮日益严重，让他立即带兵前往，调查情况，平息风潮。他上奏回道：“凡主持路政之人，皆为川省反对之人。臣主持路政，前往查办，恐川省风潮将益加剧。即川人无此举动，亦必有鼓吹、挑拨者，是未能弭乱，适以长乱。”
朝廷再催，他再上奏请朝廷从邻近的陕甘或云南就近调兵。这样又拖了十几天，朝廷下了严旨：“该大臣身充督办，凡关于四省铁路，均系该大臣分内之事，无论何省遇有事故，即无朝旨敦促，亦应随时前往，相机办理。况现在川路风潮甚巨，岂可置身事外。该大臣向来勇于任事，不辞劳怨，仍着懔遵两次谕旨，迅速前往，不准藉词推诿延宕。并将起程日期即日电奏。”
