袁世凯丁母忧，朝廷夺情，只给百日假期，到八月初九假期已到，次日他就上折销假谢恩。袁世凯一复任，就赴黄河险工勘查。黄河淤积严重，山东段每年都出险情，今年有两处决口，一再漫决。若不尽快合龙，一到十月，凌汛到来，则更无从措手。袁世凯调武卫右军及先锋队数千人分赴两地，严限两月内合龙。他在河工上待了二十余天，抢险、救灾安排妥当才返回济南。
当时《辛丑条约》已经签订，赔款四亿五千万两，国人均一两；分三十九年还清，本息高达九亿八千万两。这笔巨款当然由各省理赔，山东分到的任务是每年赔款九十万两。这笔突然增加的支出如何办理，朝廷要求各省必须切筹办法。袁世凯与司道幕僚们商议，救急的办法是成立筹款总局，专门负责整饬杂税厘捐各事宜，并在地方设立分局，名头是杜绝地方中饱侵蚀，其实是加大搜刮，与地方争利。而长远治本之策，则是举办自强新政。他在奏折中说：“国债永无了期，国势更难自立。譬之重疾之人，血气大亏，疮疖遍体，不思服药以培气，徒恃剜肉以补疮，疮未合而肉已先消，疾日增而气愈不固，一旦更为风寒所袭，遂至不复能支。为今之计，偿债固属急务，自强尤为要图，必须统顾兼筹，始可勉为善图。况东省强邻逼处，铁路纵横，久已受制于人，不啻据我堂奥，尤当力筹防范，冀可隐杜侵陵。凡营伍、器械、学校、商务、制造各端，在在均关紧要，亟须因势利导，逐渐振兴。”
袁世凯的奏折深得慈禧的赞赏，很快军机大臣得旨：筹办极有条理，具见公忠，殊堪嘉尚。各省皆能如此认真，何难妥筹钜款？
朝廷自年初推行新政，颇有些动静，袁世凯要求山东的新政必须走在全国前列。他丁忧期间，几项新政一直在紧锣密鼓地筹办。九月二十四日一天，他连上两折三片，全都事关山东新政。
一是奏呈山东试办大学堂情况。经过数月筹备，山东大学堂将于近期开学，首批招收学生三百人，由周学熙任总办，聘请美国人赫士任总教习。袁世凯在《订美国人赫士充大学堂总教习片》中说：“各种西学，必须延聘洋人，为之师长以作先路之导。现由臣访订美国人赫士派充大学堂总教习，该洋人品行端正，学术淹通。曾在登州办理文会馆多年，物望素孚，实堪胜任。”这是摆在桌面上的理由，不能摆到桌面上说的，是英国人租借了威海，德国人占据了胶澳，他希望通过聘任赫士，以加强与美国人的联系，将来借势美国对英、德能有所牵制。
二是创设山东商务局。袁世凯出任地方后，与洋人打交道多了，对各国情况也更加了解，对各国以商致富感受颇深。“考泰西各国，待商甚优。各埠均设商会，国都设总商会，以爵绅为之领袖，其权足与议院相抗。并特设商务部专理其事。其经商他国者，则为置领事以统辖之，驻兵舰以保卫之。有大利害则领事以达于公使，而争诸其所经商之国，务逞其欲而后已。故商人有恃无恐，贸易盛而国以富强，论者至以商战目之，非虚语也。”大清则对商业不够重视，商人地位也很低。“中国商人力薄资微，智短虑浅。官吏复轻为市侩，斥为末民，平时则听其自为懋迁，遇事辄不免多方抑勒。故良商畏避官吏几如虎狼，自保弗暇，何暇远谋？若不亟图整顿，恐中国商利外溢，将益重江河日下之忧。”袁世凯在省里设商务局，在府县分立商会，公举董事。“其局员务痛除官场积习，其董事务熟悉商业情形。要使官与商可呼吸相通，商与商可臂指相使。有弊则易以革，有利则易以兴，有限于财力权力者，则为之扶掖以助成之，有受人抑制欺凌者，则为之纠察而保护之。庶民皆知商之可为，商皆知业之易保。从此风会日辟，知识日增，商务日兴，货物日阜，内之而生计不忧终窘，外之而利权不尽旁倾。”
