事情的发展果然如莫不计等人预料的那样，就在桂王刚刚用上自己的年号“永历”的当年四月，郑森就“揭露”了桂王刺杀中兴皇帝并谋反的“罪行”，宣布不再承认桂王朝廷，并且在福州拥立唐王朱聿键为帝，并改当年年号为“隆武”。
作为引人注目的实权人物，林清华自然成为了郑森等人拉拢甚至是巴结的对象，郑森先后派遣了三批特使，前往湖广劝说林清华加入唐王朝廷，并许以重诺，一旦将桂王消灭，唐王将裂土封王，将长江以北的广大地方封给林清华，并从王室中选出一名公主，赐婚与林清华。
但林清华的表现却让所有的人都感到一头雾水，因为他不仅没有答应加入唐王朝廷的建议，而且也不再主动进攻桂王的军队，停止了大规模的军事行动，收缩力量，一心一意的经营他的湖广、河南、四川、陕西、贵州，并加紧整编镇虏军，建立海军部队。
林清华的这个举动不仅让郑森大吃一惊，而且连桂王等人也完全摸不着头脑，在这种摸不准林清华心思的情况下，桂王反而不敢有所行动，他不仅约束自己部下不得再向林清华轻易启衅，而且还派人劝说沐天波将准备进攻江西一带的部队调了回去。
不过，为了显示自己无可挑衅的威严，桂王还是连发数道圣旨，宣布郑森与林清华为叛逆，撤消朝廷对于他们的一切委任与封赏。
对于桂王色厉内荏的举动，林清华只是付之一笑，因为他的心里十分清楚，桂王是无论如何也不敢再次向自己发动进攻的，而桂王那貌合神离的盟友沐天波更是无法脱出身来，因为那云南的沙定洲已经从林清华这里得到了一万多支镇虏军淘汰下来的燧发枪，并且还得到了一百多门大炮，他不仅守住了云南，而且还进一步打到了广西，将沐天波的兵力牢牢的牵制住了。
不过，作为回应，林清华还是在《号角》上大肆揭露桂王的小人嘴脸，将自己领军在前线拼命奋战，而桂王一伙小人却在后方搞阴谋诡计的事情添油加醋的大肆渲染一番，准备彻底将桂王等人搞臭。
既然林清华没有进攻的意愿，那么郑森自然不敢轻举妄动，在与桂王派来的讨伐大军打了几场不甚激烈的战斗之后，他就不再主动进攻了，只是分兵守住各处要道，固守着自己的地盘，并且进一步加大了南下南洋群岛的力量，一边与西班牙、葡萄牙进行贸易，一边以海盗袭击的方式攻击荷兰人的领地，并在当年年底，派兵两万，登上台湾岛，将岛上残存的三千荷兰人消灭干净。
接着，他便开始以台湾岛为基地，派遣小规模的舰队，试探性的游弋在日本近海，准备袭击日本。
郑森将那些通过海上贸易和海盗袭击方式得来的大量钱财送到湖广，从林清华手中换取大量先进的武器，而林清华也从郑森那里得到了足够的粮食和金钱，使地方经济很快的复苏起来。
永历元年，也就是公元1647年很快就这样过去了，虽然偶尔有些小规模的战斗，但毕竟大部分时间还是安定的，经过近一年的修养生息，湖广、河南、四川、陕西、贵州的情况已经开始好转，尤其是四川与河南两地，由于这两地的屯田与水利建设取得了很不错的成绩，因此，粮食问题基本得到解决，除了本地使用之外，已经可以少量的支援其它地区了，而且由于各地流民被大量的安置在土地肥沃的地区，再加上地方剿匪部队的不懈努力，各地治安也开始好转，在一些地方，已经基本上看不到土匪流寇的影子了。
作为自己最关心的问题，林清华始终没有放弃对吏治的整顿，通过建立一套相对合理的监督制度，一大批贪官污吏或被关进大牢，或者人头落地，而大批高等学堂中的学员则被提拔上来，虽然他们并不一定比其他官员更加清廉，但毕竟吏治得到了一定程度的澄清。
