每个省仅设一个高等法院，而在每个县则各设一个地方法院，地方法院的案子可直接上诉至省高等法院，若仍对高等法院的审判结果不服，则原被告双方可继续上诉至国家的最高法院系统————终审法院，终审法院的判决为最终判决，但若原被告依然不服，则可继续向常设国民大会提出复核申请。
县级地方法院的审判由两名法官做出，只有两人意见一致的情况下，才能做出判决，而且在审判时，原被告双方的亲属朋友或者乡邻必须旁听，而且报社记者若想采访，任何法官都不得拒绝，除非是原被告双方的所有直系亲属同时拒绝。
省级高等法院的审判由三名法官做出，也只有在三人意见完全一致的情况下，才能做出判决。
具体审判细节也与地方法院一致，而且作为必要的措施，高等法院每一个案子的审判，都必须要有至少三名省咨议院的咨议员旁听，而咨议院的任何一位咨议员都不能无故拒绝法院的旁听邀请。
终审法院的审判法官由十八名流动法院的法官共同组成，其人选由常设国民大会的议长和副议长共同选定，每届任期仅为一年，一年之后，更换其中一半。
只有其中的至少十五名法官同意，判决才能下达。
终审法院的数量未定，具体可根据上一年的案发率和结案率确定，可以只有一个终审法院，但也可以在某一年同时设立数十个终审法院。
流动法院是个特殊的法院系统，其职责不是审判案件，而是巡查全国各地的地方法院和高等法院，审查其审判的案子，并主动清查可能的冤案，一旦发现可能的冤案，即向上一级法院提起重审，其案自动进入重审程序。
所有的死刑判决都必须得到终审法院的审核和认定，否则不能执行。
作为法律的重要一环，负责提起刑事诉讼的检察官是必不可少的，但是，检察院与法院不一样的是，检察官不由常设国民大会任命，也不向其负责，检察院直接隶属于由刑部改来的司法部，仅向司法部负责，其检察官的任命由司法部单独从各法律、医学毕业生中遴选，也必须通过专门的考试，而且检察院不仅仅只在各省设立，在南京还设立一个总检察院，负责监督地方检察院。
作为法律的不可或缺的补充，律师也是必要的，在具体的辩护中，律师可以是专门的职业律师，也可以是被告的亲属或者朋友，但在今后的司法实践中，职业律师将最终取代平民辩护人的位置。
各级法院的法官与检察院的检察官一样，任期都是终身，除非其任职期间发生了渎职、违法行为，否则，其可以一直干到六十岁退休，而且其待遇是所有政府官员中最优厚的。
第三个重要革新是在军事体制上。
根据林清华多年前的安排，国防部的前身兵部早就开始了军制的改革，除了在各部队中正式确立参谋制度之外，还在国防部中设立总参谋部，直接隶属于国防部，但又不完全听命于国防部，其可以由东帅与国防部共同领导，但两方的命令发生冲突时，则仅执行东帅命令。
总参谋部具体负责军事行动的策划、制订和实施，其在战争中具有相当大的独立性，可以将国防部的错误命令直接发回国防部，并指出错误，同时抄送一份至东帅处。
军队的驻扎、调动方式也发生了变化，在各行省中，固定的“军”被取消，部队的最大常设单位为“师”，而且其直接受到国防部的指挥，没有东帅和国防部的共同命令，总参谋部无法调动陆军和海军部队，其唯一能独自调动的只有两栖部队，而东帅则有超越国防部的权利，可以任意调动任何一支部队。
当得到国防部或者是东帅的命令后，总参谋部才可以调动部队，并且根据行动的性质，将零散的师整编到一起，或者编为军，或者直接编为集团军，任命军长、司令，指定参谋组成参谋部，并向目标地域开进。
在这种时候，原来由国防部指挥的后勤部门则直接由总参谋部领导，并向其负责，提供一切后勤支援。
而边疆区的军事体制则与行省不一样，由于这里靠近国境线，不能有丝毫的松懈，因此，这里的军事体制由安全向效率倾斜。
