刘秀刚取得政权，就遭遇规模很大的农民起义。建武十五年，他下诏各州郡检查田亩户口数目及人民年龄。官吏借检查名义，召集人民聚立田中，并搜查住宅村落，贫民受害不堪，至于拦路哭叫。官吏对豪强却特别庇护，任其隐匿侵占。贫民冤屈过甚，被迫纷纷起义，攻劫豪强，杀戮官吏，郡县派兵镇压，兵来民散，兵去民聚，郡县束手无策。这次起义是全国性的，山东、河北形势尤其严重。到底刘秀有计谋，他用度田（查田）不实的罪名，捕杀十几个郡太守，和缓人民的义愤；又令群盗（起义人）互相告发，五人共斩一人，免罪；赏罚官吏按杀人多少作标准；起义首领免死，解送远郡，给田地粮食，使安生业。他这“以盗攻盗”的分化政策，果然生效，起义军不久解散了。
刘庄、刘炟、刘肇（刘肇开始败坏）三帝，似乎政治比较宽平些，历史上不见起义的记载，大概当时没有大规模叛变。
从刘祜到刘宏七十二年，发生民变六十七次（实际不止此数）。南至交趾，北及幽燕，东抵琅邪，西迄凉州，几乎没有一片平静地方。起义人数和区域，也急速发展。而且起义行动，与西汉末不同，一起事就杀官吏、烧城邑，首领自称皇帝、天子、太上皇或无上将军、平天将军、柱天将军。宗教色彩很浓，利用迷信组织民众。这都说明东汉人民对统治阶级怨仇比西汉更深，起义能力也比较有些进步。
人民不断起义，能说是犯上作乱么？当然不能。统治阶级善于诈伪欺骗，像王符《潜夫论》所说：“凡今之人，言方行圆，口正心邪，行与言谬，心与口违（言行不符，口是心非），论古则知称夷（伯夷）、齐（叔齐）、原（原宪）、颜（颜回），言今则必官爵职位。虚谈则知以德义为贤，贡荐则必以阀阅（有权势人家）为前。”被压迫的人民，说假话骗谁呢？除了实行起义，总不会有其他生路。
黄巾军起，把东汉腐朽的统治打碎了。
巨鹿人张角自称大贤良师，创立太平道教。教主手执九节杖画符念咒，教病人叩头，说出自己的罪过。给病人符水喝，病愈算是信道，不愈算是不信道。穷人生活恶劣，得不到医药，只好信从他，希望去病。角派遣学徒八人到全国各地传教，十余年间，得信徒数十万。青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州地方，潜伏势力最大。角部署信徒为三十六方（方好比将军），大方万余人，小方六七千人，各设将领统率部属。又散布谣言说“苍天已死（汉），黄天当立（角自谓），岁在甲子（甲子年），天下大吉”。京城及州郡官府门上，都用白粉写“甲子”二字（刘宏中平元年是甲子年）。
中平元年，大方马元义等计划先收荆、扬二州数万人，到邺（河南临漳县西南）集中。元义往来京城，与常侍张让、封谞、徐奉等交通，作为内应，约定三月五日，内外一齐发动。张角学徒唐周上书告密，元义被捕，车裂死。封谞、徐奉阴谋被发觉，刘宏怒责张让等说：“你们常说党人想造反，我听从你们，重的杀死，轻的禁锢。现在党人并不造反，你们却和张角通谋，该斩不该？”张让等叩头，都说这是常侍王甫、侯览的事，与他们不相干。王甫、侯览早已死了，刘宏也就不追究。张角知道事情败露，通知三十六方同日起义。角自称天公将军，弟张宝称地公将军，弟张梁称人公将军。军中都戴黄巾，所以当时称为黄巾贼，又称为蚁贼，因为人数众多像蚂蚁一样。
黄巾二月里起义，不过十来天，全国响应，到处焚烧官府，攻掠城邑，州郡长官，纷纷逃走。刘宏也恐慌起来，他一向信阉宦的话，这时候急了，召集朝臣会议，采纳皇甫嵩意见，大赦党人，发出卖官钱若干万，招募精兵四万余人，令皇甫嵩（豪家出身）、卢植（儒生）、朱儁（县吏）率领，讨伐黄巾。刘宏喜欢在宫中或西园（卖官机关）玩狗。狗戴进贤冠，挂印带子，进贤冠是文官的礼帽，前高七寸，后高三寸，长八寸。狗戴着这样的帽子，有时在街上乱跑，有时同女人**（刘宏的命令），真是侮辱官吏到极点。皇甫、卢、朱等人却替他出力，单皇甫嵩一人，杀黄巾二十万以上。十一月，黄巾被他们击平。第二年二月，刘宏加收天下田税每亩十钱，补偿上年移充军费的卖官钱。
比黄巾起义较早有骆耀（在关中），与黄巾同年有张衡（在汉中）。骆耀教人“缅（远）匿法”，大概是“隐身术”一类的妖术。张衡法术略同黄巾，治病要五斗米，称为五斗米教。东汉农民起义，同道教关系很密切，原因是农民生活困苦，穷极无聊，不得不向鬼神寻求援助，野心道士利用时机，妖言惑众。他们既没有政治理想，又没有真实技能，所以开始时风动一世，稍久就不能支持。黄巾式的起义，东汉以后，历朝继续出现，农民愚昧无识，一次又一次地受他们的欺骗，牺牲极大，成就很小，完全证明农民没有进步阶级领导，起义绝不会有好的前途。
黄巾败后，河北农民纷纷起义，各部名号有黑山（山在河南浚县西北，首领张牛角）、黄龙、白波、左校、郭大贤、于羝根（首领是大胡子）、青牛角、张白骑（首领骑白马）、刘石、左髭、丈八、平汉、大洪、司隶、缘成、雷公（首领是大嗓子）、浮云、飞燕（首领张燕，脚手轻快）、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目（首领是大眼睛）、白绕、睦固、苦蝤、四营、屠各（胡族）、雁门（胡族）、乌桓（胡族）等等。大部有二三万人，小部有六七千，占据太行山一带，攻掠州郡，声势浩大。飞燕（本姓褚，继张牛角做首领，改姓张）联络各部，众至百万，通称为黑山。后来飞燕和袁绍大战数次，各部陆续被袁绍消灭，燕降曹操。
黄巾残部及其他起义军，此仆彼起，终东汉世没有停止过。刘宏死后，阉宦全数被袁绍诛灭，军阀混战代替了农民起义。刘协先落在董卓手里，后被曹操挟持，东汉名存实亡。刘协建安二十五年让位给曹丕。从此中原属曹丕（国号魏），四川属刘备（国号蜀汉），长江流域属孙权（国号吴），造成三国分立的局面。
