朱翊钧万历时代，明朝腐败政治已经发展到最高点。朱翊钧、朱由校、朱由检三朝，统治阶级内部发生大混乱，起初士大夫分邪、正两派，互相攻击，朱翊钧概不理会，任令自胜自败；后来朱由校重任大阉魏忠贤，邪派结成阉党，正派大败，惨被杀逐；最后朱由检斥退阉党，起用正人，阉党改换面目，用阴谋诈术，取得由检的信任，正人全被排去，明朝也就灭亡。
（一）朱翊钧时代邪、正两派互斗
明朝皇帝照例一二十年不见朝臣，一切政令，由司礼太监批朱，交内阁首辅拟票，次辅数人只能共同商议，无权拟票，必须首辅退位，次辅才得依次递补。凡内阁大学士，一定是老进士，他们周围各有一群同年（同科考取的进士）、门生（本人考取的进士）、同乡等关系的官员，希望首辅权位巩固或次辅升充首辅。入阁资格，是六部尚书或品级相等的大官，经过廷推（朝臣共同推举）的程序，皇帝选定其中一人，就算入阁拜相。同年、门生、同乡在廷推中起着很大的作用，所以阁臣要酬谢他们，使他们升官致富。大学士多数是贪污腐朽的老官僚，其中自然也偶有公正清廉人，这样，拥护人中同年、门生、同乡关系外，又加上邪、正的分类。邪派人数多，正派人数少，邪派政治上有地位，正派请议（舆论）上占优势，两派各立门户，各拥徒属，互相攻击，主要目标是夺取内阁的大学士。
两派互攻的题目，大致有下列几个。
争国本——朱翊钧万历十年生子朱常洛，十四年生子朱常洵。常洛母王恭妃无宠，常洵母郑贵妃谋夺常洛长子继位权。内阁大学士申时行、王锡爵、王家屏请早立常洛为皇太子，朱翊钧意在常洵，再三推延，不肯立常洛。一部分正派朝臣疑内阁顺从朱翊钧，不敢力争，群起责难，大学士间又意见不一，王家屏赞助正派朝臣，被斥出阁，沈一贯（浙江宁波人）有才能，善于迎合朱翊钧，得入内阁。一贯纠集浙江京官，号称浙党，与正派首领顾宪成等为敌。宪成革官回家（江苏无锡县），在东林书院讲学，组成东林党，对抗浙党。当时皇帝、内阁、朝臣、浙党、东林党互相间大起纷扰，朱翊钧想立常洵，朝臣公意想立常洛，内阁一派朝臣主缓争，东林一派朝臣主急争。主急争一派自称争国本，主缓争一派认为多事，有意压抑，两派怨仇愈结愈深，政见的争斗转成私人意气的争斗。二十九年，常洛封太子，常洵封福王，沈一贯出力不小，争论应该解决了，可是东林党主张促福王出京就藩国（河南洛阳县），朱翊钧不肯，纷扰又起。四十二年，福王就藩。四十三年，发生梃击案，纷扰又起。常洛登位，发生移宫、红丸两案，并梃击称三案，争论直到亡国才停止。
首辅王锡爵被政敌攻走，万历三十六年，朱翊钧召令还朝，锡爵密奏称：“皇上对臣下奏章，当作禽鸟鸣叫，留中（搁置）不省（不理），这只能激起更多的喧闹。臣请皇上尽除关税，召还内官（监税监矿的阉官），散多余的库藏，补军饷的不足，臣民自然欢呼踊跃，歌颂圣德。奏章按照事情缓急，或留中，或发表，不可一概不理。”这些话本不算错，政敌都御史李三才探得密奏中有禽鸟鸣叫语，激怒众官道：“王锡爵骂我们是禽兽。”众官大怒，引起一场争闹。
