朱元璋苦心编订各种制度，洪武二十八年，他把各种制度制成一部大典叫作《皇明祖训条章》，颁布全国，严重训谕：“后世谁敢创议变更祖训，按奸臣治罪。”可是他刚身死，夺嫡的惨祸就发生了。后世继续破坏祖训，只保存些不妨害作弊的规条。
朱允炆旧臣齐泰等数十人不肯降服。朱棣怒，灭方孝孺十族（朋友学生算一族），凡杀八百七十三人，油煎铁铉，活剥景清皮装草。其余如陈迪、齐泰、黄子澄等凌迟处死。朱棣指朱允炆忠臣为奸党，本人和同族男子一律惨杀，如邹瑾名下杀四百四十人，练子宁名下杀一百五十人，共灭族数十，杀人数万。妻女发浣（洗）衣局、教坊司（官妓），亲友发配到边地充军。罪人转相攀连，称为瓜蔓抄，无数人因此破家。至朱翊钧时已一百七八十年，建文奸党案才逐渐停止。
朱元璋屠杀功臣，罚功臣家妇女充乐户（官妓），当时儒臣解缙谏称这是坏人伦非人道的暴行，元璋认为迂话，不听。现在暴行加到自己留给孙儿的忠臣身上了。据南京法司偶存的记录，有下列几条：
永乐二年十二月十二日，教坊司题（奏），卓敬女杨奴、牛景先妻刘氏合无（应否）照依谢升妻韩氏例，送淇国公（邱福，做中军都督府左都督）处转营奸宿。
永乐十一年正月十一日，教坊司于右顺门口奏，齐泰姊及外甥媳妇又黄子澄妹四个妇人，每一日一夜二十余条汉子看守着，年少的都有身孕，除生子令做小龟子，又有三岁女子，奏请圣旨。奉钦依：由他，不的（等）到长大，便是个**贱材儿。
又奏，当初黄子澄妻生一个小厮，如今十岁也。奉钦依：都由他。
铁铉妻杨氏年三十五，茅大芳妻张氏年五十六，并送教坊司，张氏病故，教坊司于奉天门奏。奉圣旨，吩咐上元县抬出门去，着狗吃了。钦此。
这是何等残忍的圣旨。
朱棣起兵时，收买朱允炆左右阉官做间谍，认为他们对自己忠实。称帝后，大加信任。洪武二十六年已经禁止刑讯罪犯的锦衣卫，首先恢复并加重它的职权，任无赖纪纲为锦衣卫提督。又设立东厂，令亲信阉人管理。厂卫各蓄员役，专门缉访所谓谋逆妖言（诽谤）大奸恶等罪，陷害忠良，无恶不作。厂卫罪行，从朱棣起直到亡国，充分发挥了统治阶级的残酷性。
朱棣知道人心不服，厂卫只能镇压一时，不能维持久远，即位不久，就发动对外侵略，来提高自己的威望。永乐三年，派阉官郑和率舟师二万人出使西洋（南洋群岛）诸国，前后出使凡六次，用意在：（1）探寻朱允炆踪迹，（2）消灭华侨对他不义行为的反抗，（3）压迫和招诱番人来中国朝贡。四年，遣张辅率兵八十万，灭安南国，改置郡县（安南人民猛烈反抗，朱瞻基时明兵败退，安南得复国）。七年，发大军攻蒙古，前后亲征凡五次，军民死伤极众，所得只是几个蒙古王归降，受朱棣的封号（如封瓦剌为贤义王，太平为安东王，也先土干为忠勇王）。军事上胜利的结果，武人因军功受赏赐，文官因国土扩大，仕途宽广，对朱棣早已歌功不止，谁还替朱允炆抱不平？永乐元年，改北平为北京，十八年迁都北京，改原京师为南京，北京为京师，南京除了五都督府不设，其余衙门自六部至钦天监、太医院，与北京同样设置。这就是给官员们有加倍升迁的机会，文武众官哪得不加倍喜欢？这样，朱棣的统治，完全巩固了。
朱棣在位二十二年死，子高炽立，一年死，子瞻基立。瞻基以后凡传祁镇、祁钰、见深、祐樘、厚照、厚熜、载垕、翊钧、常洛、由校、由检十一个皇帝。从祁镇起，明朝的政治愈演愈腐败。这种腐败政治，造成了无数的内乱和外患。
