中国边患，历代来自北方和西北方，元朝以后，才有海上侵扰。原因在于中外各国航海工具较前代进步，国际间贸易关系益趋密切，自给自足的社会，开始感到部分的不能自给，必须依赖海外贸易，来补充缺乏。为排除进行贸易的障碍，势必引起军事上的冲突。在明朝，日本与中国冲突最剧烈，《明史》称为倭寇之乱。
（一）因通商引起战争
忽必烈东征日本失败后，日本禁止本国人与中国交通。可是私人经商依然进行。日本商船往来中国及朝鲜海岸，兼做海盗事业，大肆杀掠。日本南北朝时代（一三三三年—一三九二年）私商渐盛，等到南朝衰亡，南朝的遗民武士结合那些商人海盗，组成一个强大的力量，向大陆沿海侵扰。他们起先多在朝鲜海岸活动，后来转入中国海面，占据小岛屿居住。
方国珍、张士诚被朱元璋击灭，一部分部属亡命海外，勾结岛人（居小岛中倭人）进犯山东沿海州县，并转扰浙江、福建。朱元璋大造战船，出海追捕，陆上，自山东至福建，依地势筑七十余城，置卫所防守。由于明初社会内部暂时的安定，以及军备的相当整饬，倭寇不敢深入为害。
朱元璋允许日本国王正式入贡（通商），设宁波市舶提举司，管理贡务。日本出产硫黄（火药原料）、苏木（妇科用药）、倭刀、倭扇、漆器，中国出产布帛，成为两国必不可缺的交易品。明承历代旧制，设市舶司管理国际通商，统制却更加严密。朝廷想独占贸易的全部利益，令外国用朝贡名义，定期带来额定的货物，由市舶司评价给银钱或布帛。朱棣限日本十年进贡一次，每次贡船两艘，朱瞻基许增贡船一艘。朱祁钰时日本贡使带私物十倍贡物，估价应给银二十二万七千两，祁钰只给银三万四千七百两。贡使力求增价，得补给钱一万贯，又补给布帛一千五百匹。贡使怨怒回去。此后日本屡请增加贡船，明朝坚执贡船不得超过三艘，两国合法商业受到颇大的阻碍。
明朝为了日本贡使礼貌不恭，想停止贸易，迫令恭顺。朱厚熜撤废市舶司，嘉靖二十六年，因沿海日本商船出没无常，命朱纨巡抚浙江，兼管福建军务。朱纨严申禁令，不许商民通番下海，不许造两桅以上大船，凡私自交通倭人，不问权贵，一律斩首。浙闽大姓豪绅向来靠私通倭商获厚利，恨朱纨刺骨，福建人巡按御史周亮奏攻朱纨，在朝同党合力陷害，朱纨得罪自杀，海禁废弛。大姓豪绅借口严禁通番，夺取中国商人私下交易的利益，并欺压倭商，欠货价不偿，追索过急，就教地方官派兵驱逐。倭商破产流落，不能归国，与中国失业奸商汪直、徐海、麻叶等据海岛，聚众攻掠内地。
（二）第一次战争
朱瞻基以后，国力渐就衰落，蒙古内侵，使明朝君臣专重陆路边防，沿海军备，无人留意。卫所空虚，战船破败，一遇寇来，临时招募渔船，纠合民丁，号称防守，实际只是儿戏。嘉靖三十二年，汪直等勾引各岛倭人，大举入寇，战船数百艘，分路并进，浙东西、江南北，沿海数千里，同时告警。倭据川沙洼、拓林为巢穴，中国失职官吏、不得志儒生多投倭做谋士或向导，号召无赖流氓着倭服、挂倭旗四出杀掠，纵横往来，如入无人之境。大抵真倭不过十中三四，中国奸人却占大多数。乡民被掳，迫充先锋，严刑驱使向前冲击，官军懦怯，望风崩溃。倭寇见物即取，尤重绢、帛、棉布，烧杀**，行同禽兽。朱厚熜遣严嵩私党赵文华督察军情，文华颠倒功罪，忌主剿派总督张经击倭有功，诬奏经“养寇失机”，下狱处死。厚熜改用严嵩私党杨宜为总督，胡宗宪为巡抚，官军益解体，倭势更蔓延，江浙州县无不遭**。各岛倭人见有利，纷纷来中国，登岸劫掠，毒焰愈张。
