（一）削平三藩
吴三桂杀朱由榔，云、贵、两广归入清朝版图。当时满洲兵力有限，不能直接统治这样偏远的广大地区，最好的办法是暂时封给得力汉奸，替满洲残杀汉族义士，等到满洲势力强固，消灭汉奸，正像屠夫宰猪，叫嚎奔突一阵以后，胜利当然在屠夫方面。
福临封吴三桂为平西王，经略四川、云南，孔有德为定南王，经略广西，尚可喜为平南王，耿仲明为靖南王，经略广东。朱由榔死，玄烨令吴三桂王云南、尚可喜王广东、耿继茂（仲明嗣子）王福建（孔有德先在桂林败死，无子爵除），号称三藩。吴三桂部下有四镇十营，兵约十万，在三藩中最强悍，清朝对他也特别宽容。
康熙十二年，玄烨令尚可喜撤藩北还，吴三桂恐惧自危，明义士查如龙写血书劝三桂起兵恢复中原，血书被清官吏搜得，玄烨、三桂间疑惧更甚。十一月，三桂拒绝撤藩令，据云贵叛清，自称总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军，说是拥护朱三太子（并无其人），北伐胡虏，恢复明朝。吴三桂是穷凶极恶、猪狗不如的奸贼，汉族人民谁也不去理会他这个号召，只有一些汉奸乘机响应，贪求更大的权利。三桂遣大将王家屏攻四川，大将马宝攻湖南。十三年，广西将军孙延龄（孔有德女婿，镇广西）、四川巡抚罗森、靖南王耿精忠（继茂嗣子）相继叛清，数月中清失云南、贵州、湖南、广西、福建、四川六省。三桂亲至湖南督师，令诸将不得北进，希望清朝割地议和，划长江为国界。玄烨决心用兵，命安亲王岳乐进兵江西，简亲王喇布镇守江南，贝勒洞鄂与大学士莫洛由陕西攻四川，康亲王杰书、贝子傅喇塔由浙江攻福建，平南王尚可喜、两广总督金光祖由广东攻广西。主力军是岳乐一路，企图由袁州直取长沙，长沙破后，叛军动摇，荆州大军乘势进攻，在湖南消灭吴三桂。
十二月，陕西提督王辅臣（三桂义子）举兵反，陕甘震动，三桂留兵守湖南，自率大军谋取道川陕，合辅臣军进攻北京。十五年，尚可喜子尚之信降三桂。十六年，大学士图海击王辅臣，辅臣降。岳乐军攻长沙，三桂回军来援，玄烨令荆州军乘虚进攻，荆州军怯弱，不敢深入。耿精忠、尚之信叛三桂降清，三桂失势，穷困无聊，十七年三月，在衡州自称皇帝。八月，三桂死。部将迎三桂孙吴世璠，自云南来衡州继承帝位。十月，世璠迎柩归云南，清军各路进击，二十年，攻破昆明，吴世璠自杀。十九年，玄烨杀尚之信，二十一年杀耿精忠，三藩平。
这一次战争是满族与汉奸间举行大决斗，汉奸失败了，满族却并非战胜者，支持清朝政权削平叛乱的，是一批新起的汉奸。
吴三桂起兵，玄烨令顺承郡王勒尔锦率满汉精兵驻荆州。勒尔锦安坐城中，只向督、抚、司、道索取贡献，听说三桂进兵消息，胆战心惊，急将南怀仁新制大炮埋藏土穴，准备溃退。贝勒尚善奉命攻岳州，借口风涛险恶，不敢出击。简亲王喇布逗留江西，贝子洞鄂失机关中。玄烨派遣的满族将帅，终因怯懦无用，不得不撤回议罪。幸而叛军内部猜忌纷乱，各不相顾，三桂屯兵不进，妄想议和，给玄烨提拔新汉奸，布置新阵容一个好机会。玄烨激励绿营将士道：“从古汉人叛乱，只用汉兵剿平，何曾有满兵助战。”因此陕西有张勇、赵良栋、王进宝、孙思克，湖北有蔡毓荣、徐治都、万正色，福建有杨捷、施琅、姚启圣、吴兴柞，浙江有李之芳，广东有傅宏烈，都出死力替清朝平乱，清朝传统的利用汉奸政策，又一次取得成效。
（二）对外用兵
