说实话，对于阿合马的所作所为，忽必烈也有耳闻。毕竟怯薛军不是仅仅维护黄金家族的安全，而且有监察百官的部门。
对于一个和国之储君产生矛盾的大臣，他又怎么会不加以留心呢？不动阿合马是有他的目地的，阿合马是他一手提起来的，平时对他宠爱有加。自己动阿合马，有“用人失察”之嫌，于自己的“一代雄主”之誉有碍，这是其一。
实际上，忽必烈早在至元十年的时候就掌握了阿合马的种种不法行为：贪赃枉法，卖官鬗爵，妄索贿硌，蚕食赈银，鲭吞军款，操纵刑狱，私立鞠讯等等确凿证据。
也深知阿合马背后有一群死党。但他知道不能杀，一杀开头，个个该杀。万一杀不好便可能闹出乱子。自己年纪大了，真金太子又和那班儒生走的比较近，就是杀不出乱子，照这样杀下去，用谁来制衡那些儒生汉臣呢？这是其二。
再想到阿合马贪污的财富虽多，凭他一家人也挥霍不到哪里去，最后还不是为大元帝国积蓄？这是第三条。
之所以想到了这些，忽必烈.知道由于自己的连年征伐，国库已经是渐渐空虚，不如将这口肥猪留给太子，待到太子登基之后，杀之立威兼没收财产以充实国库。那样会更好一些。所以便对阿合马采取了隐忍态度。
其实有些大臣，如伯颜，姚枢等人，.也都看出了忽必烈最后的用意。所以一直对阿合马采取了隐忍的态度，对于一个待宰的肥猪，他们这些人是不会生气的，就是经常用着一种奇怪的眼光看着阿合马，却没有怜悯。
阿合马接到权停百官俸，执行.调整计划的旨意，这才放下心来，想到连日的担心终于解拖，不由的又得意起来。
调动属于自己的亲信党羽，开始了又一轮的清扫.活动。反正每一次的政策调整，他总能在里面找个契机来中饱私囊。所以对于这个任务他还是十分乐意接受的。
忽必烈任由阿合马去捣腾，着手另外一件他认为.十分重要的事情，就是关于至元十七年四月，长春宫道士王志真等，告奉福寺渊僧录广渊令小和尚马戒，放火烧本宫仓库房舍，烧毁所盛放米粮三千九百余石，房屋无数之事的调查结果。
本来忽必烈没有当做一回事的，通过和林和开.平的两次佛道辩论，佛道之争可以说已有结果。道教得到了很好的压制。
忽必烈大败阿.里不哥当上大汗又建立元帝国后，为稳固其统治，恢复了全真道教的一些名誉。也是为取得中原地区的统治，积极地拉拢中原各派宗教势力，藉以达到“因俗柔人”的目的。
听到全真教长春宫的告状，就象征性的诏令中书省、枢密院严加详查审理，然后就几乎忘了这件事情。谁知道，这一详查，却查出了一些端倪。
本来中书省、枢密院也是想找几个人问问了事，既然皇上都是不太关心，那他们也乐的清闲。但是在当时帝师亦怜真的关怀下，中书省、枢密院派出的调查人员也都用起心来。
亦怜真也是出身于萨迦昆氏，是八思巴同父异母的兄弟。八思巴在大都期间，他一度接任萨迦寺住持。但不久以后他也到了大都，并当上了忽必烈供养的大喇嘛。后来八思巴再次归藏，忽必烈再三挽留而不能，遂令亦怜真继帝师位。
八思巴大师的遇刺身亡，给亦怜真带来深刻的危机感，佛教在大元帝国如此昌盛，不说是八思巴一人之力，也与他有很大的关系，在八思巴不在的日子，亦怜真为佛门以后的出路深感担忧，特别是全真教这次的告状，无疑是冲着八思巴的亡故。企图卷土重来。
他又怎么不放在心上呢？亦怜真利用帝师的身份，直接cha手此案，很快的就有了结果，系在长春宫道士提点甘志泉、知官王志真的指使下，“自焚禀舍”，并诬告是僧录广渊所为。是王志真命令道童将马戒作放火贼人捉拿。并用其知官的权力教唆道童诬告。其实连粮食也不曾烧毁。想以这个名义向佛门索要施利钱物赔偿。
