公元1851年5月20日，林逸下达攻占凭祥厅的命令，由他亲自率领第一团、第三团、炮兵营完成。横穿过十万大山山脉，占领上思厅（今广西上思县附近）后，沿明江而下，于5月25日，部队抵达宁明州（今广西宁明）。宁明是一个交通要道，是凭祥清军的物质基地。没有预料到人民军进军的神速，宁明几百清军稍微抵抗一下，就逃往凭祥城了。大量物质落入人民军手中，让林逸发了一笔小财。
宁明州离凭祥厅只有五六十里路，林逸让部队在宁明休整一天，第二天中午，人民军到达凭祥城外围。林逸除让第一团第一营在南面防御阻击镇南关的清军外，其余部队团团围住凭祥城。因为凭祥城楼南高北低，师参谋部的计划是重点攻击北面，其它三面则派少量疑兵牵制。
战斗于公元1851年5月30日申时打响，炮兵营在凭祥北面的一个山坡上垒了一个炮台，可以直接轰上凭祥城头，威力巨大。一阵惊天动地的炮轰后，人民军三面发起冲锋，各营挑选出来的神枪手，在城下射击露头的清军，其它的士兵奋勇爬上云梯，爬上去的死命守护住梯口。这时龙族步枪的优势体现出来了，装弹快，可以连发五枪，一堆一堆的清军倒下，人民军轻松占领城头。打开城门后，部队连绵不断地涌进凭祥城，两个时辰不到，凭祥城落入人民军的手中。
而此时从镇南关赶来增援的清军被阻在凭祥城南二十里处，不能越雷池半步。亥时，后勤部统计出战果，是役打死打伤一千四百清军，俘二千一百人，逃一百二十人，缴获白银二十万两，火炮十五门，各种枪枝弹药无数。
随着凭祥城的攻破，从镇南关增援而来的一千清军见事已至此，再做任何努力也于事无补，又退回了镇南关。林逸下令第一团尾随撤退的清军至镇南关，但暂不予攻击，因为镇南关是边防要塞，坚固而高大，易守难攻。
第二天，林逸指示政务委员会任命康思维为凭祥市市长，并要四十名钦州市府工作人员和从钦州行政学校抽调的五十名学员一起到凭祥市，组建凭祥各级政府班子。
五天后，被切断了生活用水，了无外援的镇南关二千一百多名清军举旗投降，而第三团也在五天里占领了凭祥市周边的龙州厅（今广西龙县附近）、太平府（今广西崇左县附近），至此，凭祥战役结束。这样，人民军已拥有两个府的根据地，人口一百多万，为北进打下了良好的基础。
林逸在参加完凭祥市市政府成立大会后，召开了军事会议，会议决定：
1．钦州驻防的第一师第二团，扩编为第二师，所有各级指挥员荣升一级，兵员从改造好的战俘和各地的民兵营中挑选。
2．第一师第一团，扩编为第一师，所有各级指挥员荣升一级。兵员从投诚投降的清军中挑选。
3．第一师第三团，扩编为新第三师，兵源从各地农民中挑选。干部由钦州军校及政治学校派遣一百名学员补充。
4．林逸辞去第一师师长，政委职务；辞去原第一团团长职务，鲁万常为第一师师长。
5．陈云山辞去第一师副师长职务，辞去原第二团团长职务；任命伍则凯为第二师师长。
命令各师加强训练，尽快形成战斗力。
鉴于广西“匪情”的严峻，南有“人民军”，北有“太平军”，广西提督向荣上书请奏朝廷，要求速调精锐进剿。满清朝廷准奏，调山东、河南精锐围剿太平军；调广东清军进剿各地起义军及人民军。清朝廷派遣大学士赛尚阿驰督办此事，蒙古都统巴德、满洲副都统达洪阿协办，并派广州副都统乌兰泰督办广西军务。
顿时，广西地境又有风雨欲来之势。不过，林逸知道广东进剿军将被拖在广东罗定州（今广东罗定县附近）动弹不得，因为罗定州会爆发凌十八的农民起义，所以人民军还有宝贵的一个月整休、发展时间。
