法海军这种脚踏实地，步步紧逼的战术收到了效果，已有些舰艇能冲入马尾炮台前面那大大的水面了。清炮台弹药消耗殆尽，除一些自制火炮还在无力地还击外，其余的炮台只能裸露地被动挨打。败局已定，唐耀坤总兵只得命令所有炮手放弃前沿炮位，没必要站在那里被法海军舰炮当靶子打。
快闯入闽江口的法海军舰只开始肆无忌惮地炮轰两岸的建筑物，连民房也不放过。许多躲闪不及的老百姓不是被炮弹炸死就是被大火吞没。唐耀坤总兵看到这惨烈的一幕幕，心里在泣血，紧咬着的嘴唇渗出了鲜红的血液。
黄昏时分，炮战已接近尾声，水面上飘浮的各种各样的物体，有燃烧的残椽断木，有已死多时的尸首遗体，有早已解体的船体桅杆，这些物体随着海水的退潮慢慢地飘入大海。唐耀坤通过单孔望远镜发现法海军还有几艘舰只没有退出闽江口，仍在水面横冲直撞。他知道今天法国人扫平了马尾炮台这个障碍，明天将会长驱直入，溯闽江而上，进攻福州城。没有什么炮火防御的福州城，结果将会很凄惨，他不敢想像那将会有多少百姓流离失所？又有多少百姓死于非命？他铁青着脸，像是下了很大的决心，命令：所有隐蔽的福建水师船只乘海水退潮之季，驶到闽江口，自毁沉江，阻断河道。
本来这水师隶属于福建水师提督府，不由唐耀坤指挥，但马尾炮战爆发后，清军成立一个临时总指挥所，水师没什么作用，也归于临时指挥所指挥，希望到时也能起点什么作用。临时总指挥所由唐耀坤总兵任总指挥，这个职务没有人想跟他争，那些高官贵族知道自己的斤两，谁也不想去送死，早已远远躲了起来。福建水师提督就携带全家老小躲到自己乡下的庄园去了。
突然出现的清军水师舰只，吓得法海军一身冷汗，马上调转方向，炮射清军水师。不过，令他们奇怪地的是：“怎么这些清军舰只不向他们冲来？也不向他们开炮？只是一个劲地往闽江口冲去？”法海军随即尾随清军水师追去，但他们不敢靠得太近，清军水师尽管没有远程火炮，如果靠得近，他们还是会还击的。
法海军边追边炮击，有几艘清水师舰只，未能到达闽江口，就被击沉了。越来越少的舰只令清水师加快行驶速度。法国海军似乎明白了什么，又似乎什么也不明白，只是凭感觉自己有危险，更是不要命地向前追击。
在闽江口，法海军士兵看见令他们永世不忘的壮烈的一幕：许多清军水师，自行戳烂船身，缓缓沉入江底，船上的水兵纷纷跳入水中逃生。
“欧！封锁闽江口，我的上帝啊！”法海军士兵一片惊叫声。
闽江口内外水面上的法海军拼命的炮击，希冀能在那些船只沉入江底前，击散它。而里面的那几艘船只还不要命地向外冲，希望在河口被封锁前冲出去。最后，有三艘法国舰艇被封堵在闽江内河里，有两舰冲了出去，一艘还被撞坏了船身，涌进大量的河水。
闽江河道被堵，马尾炮战以清军惨败的方式，悲壮地阻止了法海军的进犯，基本达到了保卫福州的战略意图。法海军此战，除伤亡大量清军外，自己亦有所损失，更主要的是没有达成自己的战略目的。他们以胜利者的姿势却失意而去。
而那三艘被困的法海军军舰，他们愤怒的溯江而上，到达福州城，把所有的炮弹倾泻到福州城内，造成无辜平民一百七十多人伤亡，毁坏烧坏民房无数，最后又返回闽江口磨蹭了几天，在法海军外面舰只的配合下，勉强弄开一个口子，两艘较小的舰艇得以逃脱，另一艘大的‘赛扬’号为免落入清军手中，只能重复清水师的动作，自行炸毁沉江了。
此一得不偿失的马尾炮战，迫使法远征军只能重新修订战略部署。远征军司令梅特叶上将对于此种战役结果有点目瞪口呆：“不能以常理理解这些东方人啊！”他再次召开高级军官参谋作战会议，详细咨询了古斯特少将的战略想法，准备采纳他的方案。
古斯特少将认为：“既然继续进攻福州已无可能，就应果断放弃，转首北上，进攻清朝政府的京津重地。不过，在进攻之前，需建立一个补给站，作长远打算。居于此目的，这个补给站综合各方条件，清国台湾岛的基隆港是最理想的地点。”
梅特叶上将命令：“参谋作战部拟订好占领台湾岛基隆港的作战计划，准备在1853年5月20日之前拿下它。”
