送走何斌后，郑芝龙又立即召集所有的将领开会，讨论攻台方略。郑芝龙郑重其事地清了清嗓子：“大明皇帝和安国公的命令，本都督负责主持这次的攻台事宜。郑某自当恪尽职守，务求全胜，诸位也要戮力同心。这次进攻台湾事关重大，安国公给我全权调浙闽粤三省军队的特权，如果诸位有不听军令者斩！临阵退缩者斩！贻误军机者斩！泄露机密者斩！”郑芝龙杀气腾腾地说了四个斩字
诸将一起应道：“末将必将效死！”
接连十多天，从南京、山东调来的精兵陆续到达福建。郑芝龙这次可是真的卖力，把自己在海盗生涯中积累的与夷人作战的经验是倾囊而授，由于军法严格，各军训练的也很认真。日后，这些参与攻打台湾荷兰殖民者的陆军就成了大明帝国最早的海军陆战队员。6。
二月八日，何斌带着手下一个小通事从台湾回来了，他给郑芝龙带来了好消息，首先是岛上不论高山族、雅美族还是汉族的百姓都恨透了荷兰红毛鬼，早已盼望天朝能派兵驱逐这帮恶魔，拯救他们于水深火热之中，因此，何斌已经联络好岛上的百姓首领郭怀一，约定将和郑芝龙约定时间起来反抗荷兰人，协助明军登陆。
其次是何斌派手下的小通事探清了地势。郑芝龙选定的鹿耳门位于赤嵌城和台湾城附近，是用武必争的要害之地。一入鹿耳门，就可以控制赤嵌城及其海港，可断敌出海之路，但是鹿耳门形势非常险阻，从鹿耳门附近登陆只有南、北两个航路。4。南航道在北线尾岛和一鲲身之间，通过南航道将在赤嵌附近登陆；然而在一鲲身沙洲上，荷兰人的热遮兰城堡以重炮控制了航道，在赤嵌的普鲁文查也是荷兰主要火力点，要想突破，必须付出很大的代价。北航道在北线尾岛的北部，通北航道，将通过北线尾岛的北部和赤嵌西北的禾寮港登陆，这条航路迂回曲折，水浅沙胶，有许多的礁石，是疏于防范的一路，荷兰人只是在鹿耳门口沉了夹板船，他们认为无人能从这里通过，这里的水路不从炮台前经过。何斌派的小通事经过仔细勘察，找到了一条港路，是从赤嵌直下鹿耳门，平时水很浅，但涨潮是水深达四尺，再大的船也可以通过。
“何兄~~你真是雪中送炭啊！”郑芝龙对他大加赞赏，十分感激地握着何斌的手，“攻台将士和台湾百姓都要感谢你！”说罢，郑芝龙又压低声音说道：“你速速回去，与岛上的人联系，告诉他们大明王师将在二月十三日凌晨涨潮的时候登陆，他们在当天晚上就可以起事，吸引荷兰红毛的注意力，策应王师攻打台湾。5。小通事留下，给大军带路。”
何斌也是无比兴奋，他说道：“好，我这就回去，郭怀一是个急脾气，我怕他等不及！”
送走何斌后，郑芝龙立即召集各部将领，展开全面攻台的计划。
第一队刘国轩率领大船六十艘，小船一百艘，负责封锁基隆、淡水海面，严密防止荷兰人在台湾南部的舰船出海。同时，要积极向岸上攻击，吸引敌陆军和海军的所有注意力，情况允许的话，可以占领鸡笼港，一举消灭敌人。3。
第二队郑芝龙亲自率领大船二百艘，小船二百，作为攻打荷兰人的主力，在金门料罗门驻扎。
第三队左前锋施大宣率领大船八十艘，小船一百艘，作为攻打台湾的第二梯队。决定分出一部分船只佯攻北线尾，牵制荷兰人的注意力，保证大军的顺利进击。
第四队是有顾三麻子和甘辉率领的北海舰队巨舰最为后盾，防止巴达维亚的荷兰舰队前来支援
郑芝龙的作战意图是，先在澎湖集合，然后乘鹿耳门涨潮时机航渡鹿耳门，登陆禾寮港，切断台湾城和赤嵌楼敌军之间的联系，然后各个击破。4。当天下午，诸路明军在金门会合。
九日，明军从金门料罗湾出发向东南的澎湖挺进。
十日，明军抵达澎湖。在澎湖，明军分为三部分，一路跟随郑芝龙继续向台湾进军，一路在澎湖稍事休整做第二梯队，另一路，准备截击吕宋或巴达维亚的荷兰援军
