沙定洲占领昆明以后，自称“总府”，“总府”是明黔国公世爵的一般称呼，这表明他已经企图取代沐天波的地位。6。其妻万氏称主母。“并舆出入，遍谒缙绅。滇中豪右投为谋划者甚众”。沙定洲派兵追拿沐天波，在楚雄被杨畏知集结的军队击败。他在西进失利之后，发兵收取云南各地，在不长时间里除了杨畏知、沐天波控制下的楚雄以西地区外，都归附了沙氏。沙定洲轻而易举地攫得了沐府累世蓄积的财富。沙定洲虽然发了一大笔横财，但他并不满足于此，取代黔国公世镇云南的合法地位才是他的主要目的。因此，沙定洲在策略上尽量争取明朝廷任命的云南官员和在籍的汉族官绅，他不仅下令凡是愿意接受自己指挥的各府县汉族流官一律留任，而且胁迫或伪造云南巡抚吴兆元、在籍大学士禄丰人王锡衮给隆武朝廷上疏，说：“天波反，定洲讨平之，宜以代镇云南。1。”
由于当时的政治局势动荡不宁，道路僻远，在南京的弘光对云南发生的事变弄不清楚，仅仅凭借吴兆元等人署名铃印的奏疏和某些传闻，就发出了“扫除沐天波”的谕旨。
沙定洲叛乱之后，吴兆元和巡按罗国献以及三司官已经没有实权。沙定洲则正在逐步巩固自己的地位，致力于扫灭继续在楚雄以西抗拒的杨畏知和沐天波征集的其他土司势力了。如果他的图谋得逞，势必成为割据自雄的云南王，暂时利用的汉族官绅将被逐步排挤掉，云南同中央朝廷的离心倾向将越来越明显，甚至将云南彻底分裂出去
沐天波哪里肯就此罢休？找来石屏土司龙在田商议对策，龙在田便想出了借刀杀人的办法——邀请大西军入云南
龙在田想出这个办法也不是无中生有的，虽然大西军的骨干多是陕西人，他们虽然长期流动作战于长江南北，还有一段经营四川的经验，可是云南在当时被看成是僻远烟瘴之地，没有对该地的基本了解不可能贸然进兵。6。早在崇祯十一年和十二年（1638—1639）张献忠受抚于湖北谷城期间，他和部下主要将领同从云南调来的官军就建立过相当密切的关系。1。当时，奉明朝廷调遣到湖广的总兵就是云南石屏土司龙在田。张献忠出于策略考虑，曾经拜龙在田为义父，并且从他那里得到了马匹、兵器和粮食。张献忠军同云南土司兵将的过从甚密，甚至在湖北荆州人士中引起不安，“谣言滇兵通贼”。这些材料表明，包括孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇在内的大西军高级将领同云南土司龙在田等人是老相识，在湖广时虽然未必会想到后来取云南为基地，但平时言谈笑语中势必对云南各方面的情况有较多的了解。当他们率部来到比较贫瘠的贵州时获悉云南被沙定洲叛军占领，立即决定进军云南，就不是偶然的事了。
孙可望等率部入滇时，为了减少进军的阻力，事先派出间谍前往云南，利用汉族官绅、部分土司对沙定洲的不满情绪和黔国公在云南长期享有的威望，散布假情报说行将入滇的大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，来云南为沐氏复仇。4。这一策略果然收到明显效果，“云贵人民深信，一路俱如此传播，故贼兵所至，悉开门降。长驱而来，全无梗阻。
大西军占领平彝（今富源县），进入云南省境。攻克交水；次日移兵曲靖，歼灭沙定洲所设守军五百名，俘获明云南巡按御史罗国献。为了迷惑沙定洲，孙可望等占领曲靖后，不是向西进攻省会昆明，而是南下直趋阿迷州（今开远），在蛇花口击败沙定洲援军一千名。沙定洲见兵力不敌，又误认大西军确系焦氏家族所召援兵方能熟知地理先攻其老家，就在四月十八日主动放弃昆明，逃回蒙自故里佴革龙。行前命部将杜其飞把软禁于贡院的明大学士王锡衮杀害。留在昆明城内的明朝巡抚吴兆元等人终于弄明白了入滇的并不是什么焦家救兵，而是大西军，然而他们手头无兵，只有听任绅民投降。四月下旬，大西军经宜良顺利地进入昆明。“二十四日，孙、李诸军入城，秋毫无犯”
大西军进入昆明以后，经营云南面临许多复杂情况，需要加强核心领导。五月，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇“以事权不一，推孙可望为帅”。孙可望以“盟主”的身分不失时机地部署兵力平定云南各处叛（即依附沙定洲的势力）、顽（指效忠于明黔国公沐天波和杨畏知的势力）集团。
李定国带领一支精兵于五月十九日抵达沙定洲重点防御的临安府
刘文秀统兵由昆明北上，经富民收取武定州、和曲、禄劝等地，然后向西推进，占领鹤庆、丽江、剑川，平定了滇西北地区
孙可望在八月间亲自领兵经禄丰进攻杨畏知、沐天波据守的楚雄、大理等滇西地区。
