三天后，由户部提出的《请颁行条编疏》，通过了廷议，即日起颁行天下。自此掀开了全国范围的清丈田亩、赋税改制的大幕。
为了保证新政顺利实施，张居正上《请稽查章奏随事考成以修实政疏》，同样获得了通过。自此，凡上峰交代的差事，本堂执掌的公务，都必须专人专项负责，限期完成。所做每一件事，其完成情况都要记录在册，一式三份，一本自留，一本送六科稽核，一本送内阁监督，以备查验核实这是京城的衙门。对于地方官府也是如此，每个省都要立账册，同样是一式三份，所不同的是，稽核的任务交给了都察院。日后无论是〖中〗央还是地方，所有官员的升迁，奖励或罢黜，都凭这册档录作为依据。月有考岁有稽，全凭白纸黑字说话，谁人也打不得马虎眼。
这项改草极为简单，效果却立竿见影。自推行以后，京城各大衙门一扫过去那种疲疲沓沓、魔蘑菇菇的办事作风。每接手一件事，当事官员再不敢敷衍塞责，一拖再拖，而是立即执行，毫不延误，唯恐在“考功簿，上记下秽行劣迹，断了晋升之路。
这样内阁通过六科控制住六部，通过都察院控制住各省，终于管住了散漫懈怠的天下官员，至此令行禁止、如臂使指，一举解决了困扰历朝历代两千多年的政不通、事难举的痼疾，为接下来一系列政令的推行，铺平了道路。
万历元年三月，户部、都察院扩编完成，然后由长官带队，分赴各省督办一条鞭法，这次的队伍中，有一半是国子监毕业的监生，对于监生的栽培”沈默可谓是不遗余力。
毋庸置疑”从九品中正到科举取士，从唯出身论到唯才是举，是极大的进步。尤其走到了宋明以后，随着科举取士彻底成为正途，阶级的流动性大增，大官的儿子没法再是大官，平民百姓也有了鱼跃龙门的机会。
这样给了天下人才一个公平竞争、出人头地的机会，天下人才也争相报效朝廷，大大加强了王朝统治的稳固和持久，自然是极好极好的。
然而什么事都是物极必反，久则生弊。
国初用人的制度，分为三途：第一是科甲，第二是监生，第三是吏员。这是所谓“三途并用，。朝中的高级官晏大都出自前两种，后来因为监生的质量下降，进士成为正途，尤其是高级官员都走进士出身，所以科甲官员才是自己人，举人、监生出身的”备受歧视，吏员出身就更惨了。
于是吏员上进无门，自甘暴弃，举人监生也决不轻易就职。他们惟一的目标，便是考进土，考中了获得甲科出身，日后才有前途可言。
考不中，就准备三年以后重考。如此一科又一科，耗尽一生的精神才力，就为了能够金榜题名。许多人考了一辈子，头发全白、牙齿掉光，还在锲而不舍。
如果科举能够真正选拔出人才也行，然而四书五经八股文的教条考试，注定除了极少数智商绝伦的天才之外，选拔出的绝大多数是书呆子。这些人本身毫无政务能力，又大都在层层考试中耗尽了精力和锐气。年纪且大，无心学习，只想着如何补偿过往受尽的苦累。
浪费精力”埋没人材，选拔出的又大都年长事故，幕气沉沉”只想着升官发财的官吏，科举制遂成为吏治的大害。不知道有多少天官首辅”想要扭转这一局面，使宴场的升迁不论出身，只看政绩，然而无一例外，全都失败。
沈默的前任，隆庆年间的首相高拱就曾提议，国初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是以高拱的手段都没有推行下去。现在轮到沈默来做这件事，他没有发表刺激科甲官的〖言〗论，却默默的做了很多。
他知道，高拱和之前的官员之所以失败，是因为作为既得利益者的科甲官群体，对任何妨碍他们独吞官位，虎口夺食的举动，都会极为警惕，坚决反抗。一个人想和一个集团斗，哪怕是皇帝也不可能成功，唯一的办法，就是将这个集团从瓦解，让争论乃至争斗产生于集团内部。只有这样，才可艉找到同盟军，取得斗争的胜利。
