这个阶段，mis吸纳了全球的研究经费和设备，开始大肆扩张。
随着实验需求扩大，原本渠道征集到的实验者数量很快就无法满足mis的需求。
他们开始大量从各个医院寻找濒死的人，用各种方式“劝诱”对方加入mis的计划。
这些实验者大多出身清苦，也知道自己没有多少时日。mis答应在他们死后，给他们的家人良好的待遇。
同时，“在系统中永生”这一口号，也吸引了一些人主动加入。
当然，mis承诺的待遇还是兑现了一部分的。但随着实验者数量增加，便没有人去负责“售后”了。
——反正实验者参与计划是严格保密的，他们的家人从始至终都无法知晓，而实验者也不可能从坟墓里跳出来反驳。
再之后的实验操作并没有留下什么证据，但白芷确信，往后mis已经开始“制造”濒死的人，以满足自己不断膨胀的胃口。
这些，都是白芷还“活着”的时候的事。
白芷本人在和姚为民婚后就放弃了自己的事业，转而照顾他们的小家庭。
她和姚为民有一个孩子，长大后成为了罕见的外科天才，为姚为民操作了许多脑部实验，给了他研究很大的助益。
而白芷似乎完全放弃了自己“科学家”的身份，成为了一个家庭主妇。
为此，她当年的“对手”玛丽·亨特甚至数次公开嘲讽。
但白芷都忍了下来。
没有任何人知道，白芷隐退的主要原因，是察觉到了姚为民精神出现异常的征兆。
她小心地照料着姚为民的身体，不动声色地跟进他的研究，终于在最后摸清了mis的脉络。
她惊讶地发现，姚为民早就在未知粒子的影响下产生了人格分裂。
那个分裂的人格叫做“汤姆·罗耶”，是一个无比激进的科学狂人。
让姚为民加入mis的，实际上是这个“汤姆·罗耶”。让mis逐步失控的，也是汤姆·罗耶。
遗憾的是，姚为民在大多数时候都是正常状态，也并不记得另一个人格占据身体时的事。
因此在很长时间内，“汤姆·罗耶”的所作所为都是完全的秘密。
等到白芷搞明白的时候，一切都已经晚了。
汤姆·罗耶和许多医院达成了协议，暗地输送了大量研究者。这些研究者的实验都是汤姆·罗耶亲自操作，甚至绕过了mis的监管。
这些研究者的去向和实验结果，都只有汤姆·罗耶一个人知道。
他利用海量的隐形数据，成功发展出了一套算法，可以让系统内的意识按照算法继续发展，实现快速迭代。
他把这些算法融合进了系统的源代码中，只要系统运行，这个算法就会起作用。
一直到系统里爆发出几场混乱，“汤姆·罗耶”的存在才慢慢浮出水面。
就在姚为民终于察觉到自己的副人格，开始寻求治疗试图“杀死”他的时候，汤姆·罗耶操纵机器，将自己的意识全部导入了系统中。
根据他早年在源代码中留下的算法，整个系统都成为了汤姆·罗耶的超级大脑。
从此以后，mis的系统完全被汤姆·罗耶掌握。
他成为了那个系统中绝对的“王”。
如果事情仅仅是到了这一步，对现实世界并不会造成太大影响。
mis完全可以放弃过往的所有系统，重新开始研究；又或者选择不计后果“杀死”汤姆·罗耶这个大病毒，让系统正常运作。
但一件外部的危机，让mis彻底走向了癫狂。
人们发现了高等文明入侵的预告，开始不顾一切地推进改造人体相关的研究。mis早已在人脑和意识领域深耕多年，这时候就成为了全球的寄托。
人们决定保留汤姆·罗耶，甚至还要使用一切手段，让汤姆·罗耶的大脑加速进化。
他们相信，这是制造出人类超级智慧的方式。
孕育出汤姆·罗耶人格的姚为民因此被严格监控，白芷和他们的儿子也受到了牵连。
最终，姚为民让白芷杀死自己的身体，然后找机会杀死系统中的汤姆·罗耶。
可白芷只做到了杀死姚为民的身体。没过多久她也被mis逮捕，他们的儿子也随之失踪。
