星斗大森林界碑矗立，南北疆域划分已定，天斗、星罗两大帝国各自接管疆域，战后重建工作全面铺开，可大陆并未完全安稳，原武魂帝国疆域内，依旧藏匿着不少武魂殿残余势力、负隅顽抗的封号斗罗残部，以及依附武魂殿的邪魂师团伙，他们藏匿在山林、荒漠、偏远城邦，时不时侵扰百姓，劫掠物资，成为战后和平的最大隐患。
这些残寇，大多是武魂殿的死忠分子，或是趁乱作乱的邪魂师，人数虽不多，却极为狡猾，凭借地形优势，躲避大军清剿，给边境百姓带来极大困扰。两大帝国皇帝当即下令，启动全境清剿行动，务必将所有残寇一网打尽，永绝后患。
天斗帝国方面，由戴沐白率领白虎神军团，配合天斗帝国大军，清剿北方荒原、西部山林的残寇。戴沐白继承白虎神位，神级威压强悍，所到之处，残寇望风披靡，白虎真身一展，山林震颤，藏匿的残寇无处遁形。对于普通残寇，缴械投降者从轻发落，负隅顽抗者尽数歼灭；对于邪魂师团伙，绝不姑息，一律铲除，杜绝邪魂师为祸一方。
李元霸亲自坐镇天斗帝国北方边境，游走于各大残寇藏匿之地，黄紫紫黑黑 四红十万年魂环全开，太阳神域偶尔展开，至阳之力净化邪祟，邪魂师的阴邪之力在太阳神域面前，不堪一击，短短数日，便清剿了三处大型邪魂师据点，斩杀数名巅峰魂斗罗级别的残寇首领，震慑北方全境。
星罗帝国方面，由马红俊、朱竹清联手，率领星罗魂师军团与大军，清剿南方沿海岛屿、东部山林的残寇。朱竹清凭借速度之神的优势，快速追踪残寇踪迹，精准定位据点；马红俊的凤凰神焰，焚毁残寇巢穴，克制一切阴邪，两人配合默契，所向披靡，沿海残寇尽数被清，海上盗匪也被一一剿灭，沿海航线恢复安全。
唐三则坐镇大陆中枢，统筹全局，一方面协调两大帝国清剿行动，互通残寇信息，避免遗漏；另一方面梳理大陆各大宗门关系，将原本依附武魂殿、或是中立观望的宗门，重新纳入秩序，建立全新的宗门管理制度，结束宗门混战、各自为政的局面。
武魂帝国存续期间，武魂殿以强权打压异己，扶持亲武魂殿的宗门，打压反对宗门，导致大陆宗门秩序混乱，不少宗门覆灭，残存宗门也人心惶惶。如今武魂殿覆灭，宗门格局重新洗牌，唐三以双神之威，召集大陆所有现存宗门宗主，齐聚嘉陵关，召开宗门大会，确立宗门新规。
大会之上，唐三明确规定，大陆所有宗门，需在两大帝国备案，接受帝国与魂师管理署双重监管，严禁宗门私斗、欺压百姓、劫掠资源；宗门魂师需遵守大陆法令，不得肆意妄为，邪魂师宗门一律取缔，绝不姑息；各大宗门可自由选择归属天斗或星罗，也可保持中立，驻守边境，共同守护大陆，帝国不得强行干预宗门内部事务，宗门也不得干涉帝国政务，实现宗门与帝国和平共处。
同时，唐三恢复七宝琉璃宗、蓝电霸王龙家族等老牌宗门的地位，嘉奖其在抗武魂帝国战争中的功绩，扶持其重建宗门，恢复往日荣光；对于曾经依附武魂殿的宗门，只要改过自新，放弃武魂殿理念，便不予追究，允许其继续存在，重新融入大陆秩序；对于覆灭宗门的残存弟子，敞开大门，允许其加入其他宗门，给予生路。
李元霸在清剿完北方残寇后，也赶赴宗门大会，以九十九级四红十万年魂环封号斗罗的实力，震慑全场，确保新规顺利推行。他本身无门无派，公正无私，再加上双神加持，各大宗门宗主无不俯首听命，无人敢有异议。
新规确立后，各大宗门纷纷回归秩序，七宝琉璃宗重回天斗帝国境内，重建宗门，继续以辅助之力，助力大陆发展；蓝电霸王龙家族收拢残部，驻守北方边境，抵御可能出现的隐患；曾经依附武魂殿的宗门，纷纷销毁武魂殿标识，归顺帝国，改过自新；中立宗门也纷纷备案，遵守新规，专注于魂师修炼与传承，不再参与纷争。
